造成行政事务上的欠缺灵活 ，而废止“三县四厅”，设“二十厅”之行政单位，划分台南县为嘉义、盐水港、台南、蕃薯寮、凤山、阿猴等六厅，盐水港厅范围东至三脚南山系，西至海，南至曾文溪，北至八掌溪、冻仔顶山系，厅治设于盐水港街，下辖店仔口、前大埔、北门屿、麻豆、六甲、萧垄、新营庄（后改设布袋嘴）等七支厅。

明治42年(1909年)10月，台湾“总督府”将原有之二十厅，废止合为十二厅，盐水港厅废止，盐水港、店仔口、前大埔、布袋嘴等地并入嘉义厅，北门屿、麻豆、六甲、萧垄等地并入台南厅。1920年成立台南州，盐水港支厅、店仔口支厅、前大埔支厅为新营郡，盐水港设立盐水街，亦代表纵贯线铁路经过的新营已接替盐水之地位，成为区域中心。