东晋置

元嘉八年(431年)割江淮之间的地区为南兖州，盱眙郡改属南兖州。

元嘉二十八年(451年)，南兖州从广陵移治盱眙。

元嘉三十年(453年)，废南兖州，后复置，州治仍迁至广陵。

齐建元四年(482年)，北兖州州治由淮阴迁至盱眙，盱眙郡改属北兖州。郡辖考城、盱眙、阳城、直渎、长乐五县。

梁，盱眙郡初属北兖州，后属淮州。武帝末(549年)，淮南地区为东魏占领，于县治置盱眙郡，属淮州，郡辖盱眙、阳城、直渎三县”。后入北齐，盱眙郡仍属淮州，郡辖考城、盱眙、阳城、直渎四县。

陈太建五年(573年)八月，盱眙入于陈，九月改属谯州，盱眙郡仍辖考城、盱眙、阳城、直渎四县。

太建七年(575年)，盱眙郡改属南兖州。后在盱眙郡治置北谯州，不久裁撤。