佐竹氏在南北朝以后成为当地的守护。可以说，常陆国的战国史是围绕着佐竹氏为中心展开的。随着相模的小田原北条氏、越后的上杉氏、下总的结城氏等势力的扩张，佐竹氏也借机统一了该国。真壁氏也想与佐竹氏建立关系。真壁氏与佐竹氏的关系见于史料的有：在佐竹义昭这一代，赐予真壁久干之子九郎“义”字，名为“义干”。尽管以这样的关系可以推测真壁氏与佐竹氏结成了主从关系，但另一方面又与敌对的小田氏定下密约。真壁家这样做估计是为了摸索一条自立的道路。

虽然真壁氏作为战国领主欲以自立为目标，但由于佐竹义宣在关原合战中实际上是旁观者，战后，佐竹义宣被命令从常陆国迁至出羽国。伴随着领国替换的是减封和家臣的整理。真壁家也跟着去了出羽国。与此同时，真壁氏的家臣数也被减，随着当主房干和其弟重干移至出羽国的仅有数位家臣成员。

如此这般就谈不上什么自立化了。真壁氏自平安时期以来所持续的对真壁地方的支配结束了。

很久很久以前，在比圣德太子更早的过去，有一个生来就是白发的天皇——清宁天皇（白发武广国押稚日本根子尊）。正是他推广了各地米的种植，任命了各种各样的奉仕人员。他们被称为白发部（しらかべ，拼音发音：XI LA KA BEI）。就是因为这些白发部的人们住在当地，所以地名也被称为白发部（しらかべ）。后来、因地名用两个字比较方便的缘故，地名文字就用了白壁（しらかべ）。

后来，在300年以后，奈良时代结束了，光仁（こうにん）天皇死去。这个天皇被称为白壁（しらかべ）王，因此与此读法相同的地名“しらかべ”被勒令必须改名。发出此令者就是在平安京有名的桓武（かんむ）天皇。由此，当地地名从“白壁”改为“真壁”（まかべ，拼音发音MA KA BEI）。

这就是真壁这个地名的由来。但是这个真壁是指整个被称为“真壁郡”的大范围。是否和如今一样把城镇中心特别称为真壁就不得而知了。

在真壁家流传下来书籍之中关于真壁氏发端的传说有如下记载。

真壁六郎长干诞生于平治（へいじ）元年（1159）6月22日。在前一年的9月9日晚上10时左右，已然熟睡的致干（长干之父）之妻突然惊慌地跑到睡房的走廊里，手持白刃怒气冲冲地高声与人问答。致干急忙取出太刀赶上前去，只见妻子手持护身刀，向着空无一人的庭院忿忿不已。问及缘由。说了以下这段话：

在我梦中出现了一个80岁左右的老翁和一个70岁左右的老媪。说什么：“你的肚子准备好了……”话音未落，我衣服的袖子里飞入一物，我惊慌地起身想去抓住老媪，她却浮起于空中大约6米，说道：“不要这么惊慌。那个老翁叫筑波（つくば），我叫鹿波（かば）。”随即，老媪化作一道光隐去不见。

后来，他们第二天又在致干的梦里说道：“天下已经到了无法无天的地步，诸人皆染有邪慢猛恶的习气，寺院和神社都没有人参拜。我们想要退治两山（筑波山和加波山）的魔障。”10日之后妻子身体突然不适，各寺各山的高僧祈祷了也不起效，找来名医也没有效果。高僧们都说不是染了邪气就是触犯了掌管生灵死灵的佛神。此时真壁猫岛村（现明野町猫岛）的真守博士（しんじゅはか）——安倍晴明（あべのせいめい）的9代末孙——前来诊治，说这是怀孕了。翌年6月22日生下一个男婴，取名长寿丸。

平安时代末期，真壁长干（まかべたけもと）作为真壁郡的郡司（长官）登场。平国香的子孙以筑波郡为本处，取北条的地名，称为多气（たけ）氏。从国香算起的7代目义干（よしもと）继承了本家的多气氏，分家后弟广干称为下妻氏，忠干称为东条氏，长干称为真壁氏。这就是真壁氏的开始。

但在正式文书里写自己名字时，不是写真壁长干，而是以平朝臣长干为署名。真壁家把自己记为真壁某某是很久以后的事。“平朝臣”（たいらのあそみ）是常陆平氏（ひたちへいし）一族共通的氏名，是桓武天皇赐予的。真壁氏的诞生有以下的传说。

平致干之子长寿丸生后第七日突然失踪。拼命寻找之下终于在汤袋山中找到。包着身体的衣物闪闪发光，有一群鹿围在旁边。当前去寻找的僧侣靠近的时候，鹿群居然和他们点头打招呼，然后离去。僧侣于是向鹿岛神宫方向行礼，支好帐篷让长寿丸睡觉。刚弄好，从山北麓的瀑布过来两匹马，瞬间在帐篷之间用石头垒好了一个马厩，一夜之间居然大木成林。因此，后来人们在瀑布上建了驹泷明神社。在京都，天皇在梦里见到了长寿丸，由此天皇命令将真壁郡给予长寿丸。得知此事，族人大喜，在汤袋山的西面造了城。后来在更北面的地方又重造了一座。

真壁长干分家而立后不久，进入了源赖朝的时代。真壁氏顺从源赖朝成为镰仓幕府的家臣，开始支配真壁的领地。当时的领地北起现在大和村的中部，南到椎尾、酒寄附近，东起筑波山、加波山的尾根，西到协和町、明野町，包含了下馆市的一部分。

真壁氏将分家时得到的领地逐步地分给了一代代的子弟。长冈氏、安部田氏、宫山氏等子弟各自支配了长冈乡、安部田乡等地，平时各自经营，合战时协助本家。

除去子弟的部分，关于本家初期的领地的情况，所流传下的古文书有如下记载：

庄领：本木、安部田、大曾根、伊々田（饭田）、北小幡、南小幡、大国玉、竹来（高久）

公领：山乃宇（山尾）、田村、伊佐々、洼、源法寺、龟隈（龟熊）

称为庄领的是指年贡的一部分要交给幕府的领地，称为公领的是将年贡交给常陆国的役所的领地。虽说也有被幕府没收一部分领地的事，但从整体来看还是一个年贡比例比较安定的时代。

一族的分出不仅仅限于真壁郡，也分出到木曾和会津。长野县南木曾町的小木曾真壁氏，福岛县会津坂下町的蜷川真壁氏就是这样的真壁族人。那些地方都留有鹿岛神社。鹿岛神社是祭祀包括真壁氏在内的常陆平氏的氏神。小木曾真壁氏和山田乡的关系很密切，后来继承了真壁总领家。

为了对抗掌握镰仓幕府实权的北条氏，足利尊氏、新田义贞响应后醍醐天皇的号令揭起反旗。作为幕府家臣的真壁氏一族也“いざ镰仓”（此词双关，意为义无反顾，估计此词出典于此时，故特意保留日文原词）地参战，作为幕府方参加了防守作战，然而虽经苦斗也是徒劳，死伤多人后，幕府灭亡了。以后醍醐天皇为中心的建武政权建立，但数年后又崩溃，国家分为后醍醐天皇方的南朝和足利尊氏方的北朝，持续内乱的南北朝时代开始了。

真壁氏加入镰仓幕府方，死者甚多，在其后的南北朝时期开始象是依附南朝的，后来也有转向北朝的。就是在子弟长冈氏的内部，一族也分为南北朝而对立，真是国乱、家乱都混在一起了。

这段过渡期间的当主是真壁干重，与加入了南朝北畠亲房部队的小田城、关城、大宝城等一起，拼命地对北朝势力的攻击展开了防守战。向拥有很大势力而态度却不明确的白河结城氏发出信笺，要求他们加入南朝方，但进行得不是很顺利。不过当时的小田、关、大宝各城在战前很早就接受了后醍醐天皇方的国指定，这样就算是成为了天皇方的城。这就象真壁城直到昭和17年才得到县指定一样，具有很强的政治含义。

最终依附于南朝的真壁氏本流没落了，依附于北朝的一族继承了家督。成为北朝势力所开的室町幕府的家臣。由于室町幕府在京都，设立了镰仓府管辖关东，真壁氏一众归入其下。然而这种安定的情况并没有维持多久。

南北朝的内乱，到1392年足利义满（あしかがよしみつ）统一南北朝后结束了。关东的内乱状况却逐渐深化了。室町幕府设置了镰仓府作为行政机关。作为镰仓公方（くぼう）的足利氏和身为关东管领（かんれい）的上杉氏一起对东国进行统治。这个镰仓府与身为当地领主的中小武士之间起了纷争。

1380年小山义政（おやまよしまさ）在镰仓府作乱。真壁氏一族之一的源法寺氏（げんぼうじし）也参加了。被镰仓府军镇压，源法寺乡也被没收。1416年关东管领上杉禅秀（うえすぎぜんしゅう）反抗镰仓公方足利持氏（あしかがもちうじ）。翌年，公方得到京都室町幕府的支援而镇压了这次反乱。

此时镰仓府和京都幕府之间已有不信任感。频繁作乱是在幕府和镰仓府对立的背景之下。京都幕府为了牵制镰仓府的行动，在东国扶持了幕府方的势力。山入佐竹氏、大掾氏、宇都宫氏、白河结城氏、小栗氏都是幕府方的势力，被称为“京都扶持众（きょうとふちしゅう）”。真壁氏也在其中。

在京都扶持众和镰仓府之间的频繁战乱之中，应永30年（1423）的小栗氏之乱对于真壁家来说是难以忘怀的大事件。镇压了小栗氏的镰仓府军，挟其余势对真壁城展开攻击，真壁城落。混乱中，真壁秀干病亡，后继者真壁庆干也行综不明。领地为宍户氏（ししどし）所分，真壁氏陷入灭亡的危机。

也有这样的说法，当时所攻下的真壁城是龟熊（かめくま）城。

根据对现在真壁城的发掘调查，能够大致了解当时的状况。古书里有以下的战斗情形描写：

“鹿岛烟田远江守干胤的军事（中略）

“（应永30年）八月二日，奉命与鹿岛、行方、东条齐心向真城进发，尽忠尽节、不久灭敌（后略）”

还有，据说是镰仓府军的烟田氏等人攻下了真壁城。

同为镰仓府军的鸟名木氏有更详细的记录：

“行方鸟名木右马助国义的军事（中略）

“（应永30年）八月二日，围城之时，在土岐美作守的指挥下将南面的城壁打破，人人争先，开始巷战。城落，依然伤者不言退，同夜，攻下堀内城。（后略）”

关于真壁庆干的去向，有他的后裔在山形的说法。事实上真壁家在秋田县的横手市有本处，还有称为真壁城的城馆。据其当家的谱系图，真壁庆干逃到秋田，将本处移至当地。系图内容真伪不能确定，却也不能说没有这个可能性。

由于庆干以后的族谱图缺了一部分，真壁家在室町时代状况就丝毫不可知了。但在战国时代确实存在着自称真壁氏的武将经营着称为真壁城的城馆（这个地方现在还有很多东西借用了“真壁”作为苗字）。通过古书可以得知：战国时代末期有一名为真壁对马守的武将十分活跃，为了反对丰臣秀吉的太阁检地发动了一揆。然而因转封而移入秋田的佐竹氏一部又领导镇压一揆，而真壁氏又参加了佐竹氏部的先遣队，居然出现了常陆真壁氏和秋田真壁氏对立的不可思议的状况。

没落了的真壁氏尽管处于当主行综不明的困难之中，但依然在京都和镰仓为了恢复领地而积极地行动。为了便于说明，先看看以下的谱系图——

真壁长干——真壁显干——秀干——庆干（行方不明）

║　║

║　 ——氏干（诛伐）

║

——景干——朝干——久干——治干——家干——久干（道无）——氏干

║

——义干

在真壁庆干失踪之前，有先祖传来的书简之类东西保存在家人竹来（たかく）氏、河田氏等人处。真壁朝干取到了这些东西，为了取回给予了宍户氏的真壁领，频繁地向幕府和镰仓府提出，还计划着以实力来恢复所领。永享8年（1436），河田入道接受了催收郡钱的任务。享德5年（1456）真壁朝干通过古河公方取得了将近领内一半的领地，可以这样推测，就在此时前后真壁氏真正地回到了以前的旧领地。

但是，永享11年（1439）真壁家为了家督继承的事，家臣团一分为二，起了纷争。一派是拥护自称是真壁庆干之弟的真壁氏干，另一派是支持真壁朝干。结果朝干这一派取得了胜利，据传将支持氏干的一派予以诛伐。古书可见如下的各派关系者——

白井右马助师干、本木前骏河守家干、饭冢前近江守重干、白井前越前守贞干、长冈但马守广干、河田沙弥法荣、皆河沙弥法观（氏干侧）

皆河左卫门尉纲宗、竹来左卫门入道、河田伊豆入道（朝干侧）

因为氏干是真壁家本家的子第，这样一来就一举消灭了旧势力。朝干将当地土豪阶层重新组织，将他们作为宿老进行了家臣团的再编成。通过这件事，真壁氏摆脱了子弟分割领地的旧体制，建立了由本家完全支配的体制，迈向了战国时代。