真大道在长期的掌教传承中，逐渐形成了一套比较完整的从中央到地方的领导体制。首脑机关是大都天宝宫，为历代掌教所居之地，设诸路真大道教都提点，教门都举正等以辅助掌教工作。其下据元代的行政区划设立各级地方组织。第一级，行省设提点都举正。如王清贵曾任河南江北、陕西、四川等处都举正提点。第二级，路设道录、道判。如陈德元曾任大都路道录，赵德松曾任汴梁路道录，郑进元曾任卫辉路道录等。第三级，州设道正、举师。如《隆阳宫碑阴》记有涿州道正，固安州道正，雄州道正，易州道正，顺州举师，易州举师等。第四级，县设威仪，如《隆阳宫碑阴》所记房山县威仪黄德元等。最基层为宫观，设提点、提举、知观。

金、元之交，大道教内部分裂为天宝宫和玉虚宫两派，各自进行传法。《先天宫记》云：“四祖（毛希琮）见性达聪，罔愆成法，心厌尘世，不永斯年，掌教五星有奇，得年三十八岁，复以教法逊与五祖太玄真人郦君（希成）”。陈智超新发现的《玉虚观太道祖师传授之碑》则云：“四祖毛希琮号纯阳子，复得希夷子（张信真）之传，丁亥（1227）葺玉虚观以居之。戊子（1228）乃立李希安为五祖，号湛然子”。这样，毛希琮似将掌教职位分别传给了郦希成和李希安两人，都被称为五祖。按一般通例，教权只能传予一人，毛希琮怎会传予两人呢？究竟是只传一人，但因未受传者要争正统，也谎称受传；或是先传一人之后，由于种种原因改变初衷，或受另一人之胁迫再传第二人呢？因资料缺乏，尚难判断。但《先天宫记》为“真大道门人、崇道广演法师、前进士杜成宽撰”，立石于元世祖至元十五年（1278）；《玉虚宫传授之碑》为参知政事杨果撰文，立石于至元七年（1270），皆为名人手笔，且去毛希琮不远，似不可能任意伪造。所以尽管不知究竟出于何种原因，事实上毛希琮之后确有两个五祖，一住天宝宫（郦希成），一住玉虚宫（李希安），使大道教分成了两派。

在元代宗教政策比较宽松的情况下，大道教两派都得到元室的承认，分别进行传法。但玉虚宫一派传法时间较短，连李希安在内，只传了三代。《玉虚观大道祖师传授之碑》云：

“戊子（1228）乃立李希安为五祖，号湛然子。修葺琳宇，壮严圣像，焕然一新。岁在辛丑（1241），被征命，辞老不起，完宗皇帝以法服赐之。乙卯年（1255），世祖皇帝在王邸，闻其道行，赐以真人之号。中统二年（1261）命之掌管大道。至元三年（1266）羽化。河间莫州（今河北任丘）人刘有明号崇玄子传其道，是为六祖。是年冬，玺书授崇玄体道普惠真人。”杨果撰此碑时，六祖刘有明尚在世，故不见传法于七祖的记载。据祥迈《至元辨伪录》卷五《焚毁诸路伪道藏经之碑》记载，参加元世祖至元十八年（1281）佛道大辩论的道教一方，大道教有两人，一为李德和，一为杜福春，李德和是已知的大道教掌教第七祖，其余的道教参加者皆是各派的首领，如全真道掌教祁志诚，正一道首领张宗演等，因此杜福春必不是一般道士，很可能是大道教玉虚宫派的七祖。如此，大道教玉虚宫派只传了李希安、刘有明、杜福春三代，此后未见记载。

天宝宫派的传法较玉虚宫派为长。五祖为郦希成。《重修隆阳宫碑》云：“第五祖师太玄真人郦君，讳希成，妫川（今河北怀来县）之水峪人也。……圣朝创业之初，为教门举正，而阐教山东。四祖毛君，暑月病剧，速召而来燕。既承其法，拂袖有深山之隐。”他为何刚接任掌教即想隐遁深山呢？《先天宫记》则称：“五祖当教之日，值大元立国之初，法令未行，逆魔乱起，始终一十五载，遭逢十七大魔。”所谓“逆魔”、“十七大魔”，乃指教内出现了与之抗衡的反对派势力，看来除了玉虚宫一派外，还有其他派系。所以在这种宗派纷争的严重局面下，郦希成无法掌教而退隐深山了。王恽《秋涧文集》卷五《游妫川水谷太玄道宫》诗之注文，反映了当时斗争之尖锐。其“云封石上体”句注云：“初，大道郦五祖者，逃难此山。众追及，弃衣钵石上而匿，其物重，众莫能举。众（以）为异，遂请主其教，今道院盖郦生所创也。”有多人追逐他，欲夺其衣钵，或欲置之死地，足见其斗争之尖锐。此处说众人举不起他的衣钵，以为神异，“遂请主其数”，《先天宫记》则说：“以五祖道德崇高，威灵显赫，魔不胜道”，经过十五年之后，“寻乃自平”。不管什么原因，郦希成经过十五年的斗争之后，终于克服玉虚宫一系以外的其他反对力量，回到燕京天宝宫，登上了大道教掌教的宝座。时间大约在元太宗十年（1238）左右。

郦希成正式掌教以后，受到元室的支持，元宪宗曾封他为太玄广惠真人。在他掌教期间，组织有所发展。《先天宫碑》云：“自戊戌（1238）以来，化因以洽，南通河岳，北极燕齐，立观度人，莫知其数。”这种说法，十分笼统，只能理解为：南面传到山东泰山一带，北面传到河北一带，比刘德仁创教时扩展不多。但据新发现的《汴梁路许州长社县创建天宝宫碑》记载，在郦希成掌教期间，真大道由原来的河北、山东，发展到了河南许州（今河南许昌）一带。该碑云：“先是大道一宗，其所崇尚不过河北有焉。自五祖太玄广惠真人命举师卢德清往河南典教，其后教法流行。”许州天宝宫即建于元太宗十二年（1240）。

道派发展以后，郦希成特请元室批准他将“大道教”改名为“真大道”，以示正统。“宪宗皇帝即位之四年（1254），特降玺书，赐名‘真大道’，中宫赐之冠服”。真大道名称从此正式确立。

郦希成“阐教三十六年，享寿七十八岁，将法传付六祖通玄大师孙君（德福）”。是为第六祖。孙德福再传法给李德和，是为第七祖。以上三代皆处在与玉虚宫派相对峙的时期。

七祖李德和掌教时，真大道又传到了陕西。此见吴澄所撰《天宝宫碑》。该碑称张清志“年十六，从天宝宫李师（德和）为道流，锡名清志。然获归养父母。年十八，辞家入太白山，……久之，辞亲入终南山。……年二十六，创长安明道观，又适凤翔扶风县立天宝宫。”

继李德和之后掌教的为第八祖岳德文（1235～1299），始合玉虚宫、天宝宫两派而为一。岳德文，涿州（今河北涿县）人。年十六，辞亲入道隆阳宫。年十八，受教于五祖郦希成。元世祖至元十九年（1282），李德和付以教事。二十一年，宣授崇玄广化真人、掌教宗师、统辖诸路真大道教事，赐玺书护持之。在他掌教期间，真大道教获得了较大的发展。

“西出关陇，至于蜀，东望齐鲁，至于海滨，南极江淮之表，皆有奉其教戒者”。岳德文“尝使人行江南录奉其教者，已三千余人，庵观四百。其他可概知矣”。

但在岳德文之后，真大道内又出现了波折。即岳德文于大德三年（1299）逝世前，将教事付与张清志，作为九祖，但当岳德文“丧毕”，他却“潜遁”山西临汾，后又返华山归隐，并没有接替掌教。此后，相继由赵真人（亡名）、赵德松、郑进元摄掌教事。五年之间，“二赵一郑”，“相继殒灭”。其徒众根据郑进元临终时的嘱咐，去华山请回张清志，仍举其为九祖（如算上二赵一郑，则为第十二祖）。

张清志，乾州奉天县（今陕西乾县）人。第七祖李德和之徒，掌教前，长期在陕西、山东、山西等地传教。掌教后的第一件事是废除教内的刑罚。他面对徒众，称“吾教以慈俭无为为宝，今听狱讼，设刑威，若有司然，吾教果如是乎？

继今以始，凡桎梏鞭笞之具尽废之”，“自是众安害息，五年宿弊（指二赵一郑摄教之五年——引者注），一旦悉除”。⑥张清志平时自奉简朴，“深居寡出，入或不识其面，著书以名其学，文多奇奥。贵人达官来见，率告病伏卧内。虽有金玉重币之献，漠如也”。他这种淡泊清高的作风，与当时各派首领居则宫室、出则华冠艳服、日与贵官相往来的作风，形成鲜明对比。因此得到吴澄等文人学士的称赞和敬仰。

张清志于元成宗末掌教，历武宗、仁宗、英宗至泰定帝，深受尊崇，授以演教大宗师、凝神冲妙元应真人，统辖诸路真大道教事。“掌教将二十年，教风日盛”。其所居大都天宝宫，“日食数千指”，其盛况可见一斑。

吴澄于泰定二年（1325）为天宝宫作碑时，张清志尚在世，张何年逝世，何人嗣教，不见记载。可能此后不久，真大道即归并入全真道。