在真田信之居馆中置有一个木箱。信之对外宣称箱中藏有德川家康赏赐的吉光短刀，在周围常时配置四名家老彻夜轮流守卫。到了幕府消失后的明治时代，众人将木箱打开，才发现里面放的是信之跟石田三成通信的文书等各种不利于真田家的证物(石田三成是信之的姨丈，双方平时就有相互往来)。信之从上田移封到松代时特别将各种文书资料烧毁，但却故意保存这些证物，可说是暗中表达对德川家的不满。

真田信之对德川幕府不满原因是要从关原之战开始，首先真田兄弟的没有多少人缘的姨丈石田三成和狸猫彻底撕裂了，尽管曾在狸猫侍从一段时间信之深知狸猫厉害，考虑到自己两边都有亲家和大后台，可以左右逢源，处于武士道义真田信之还是站在石田那边，却被父亲打发到狸猫那边。

第二次上田城之战，狸猫就派真田信之去和自己的弟弟打架。

关原之战后，自己的姨丈早已经被狸猫咔嚓了。狸猫却要用咔嚓来收拾已经是手下败将的父亲和弟弟;如果不如自己命好有个非常大后台，拼命向狸猫求情保住父亲和弟弟性命，恐怕自己或者父亲和弟弟早已经下地狱了，不过这招却让狸猫对自己特别信任。

昌幸父子流放纪伊国九度山，信之并将来自父亲的讳名“幸”改为“之”，避免与父亲的名字有所相同。信之曾经暗中给予经济支援，但不久之后就迫于德川家的压力而不得不终止了。

庆长十六年(1611)，昌幸在九度山死去，原本信之准备安排大规模的吊礼，不过被幕府本多正信游说下而终止(原因很简单，昌幸在两次上田城之战让狸猫二代和狸猫很没面子)。翌年，部份家臣前往九度山吊念昌幸。庆长18年(1613年)真田兄弟母亲山手殿在昌幸的第三次忌日当天自杀

庆长十九年(1614)十月四日，信之收到幕府命其参加大坂攻伐的命令，可信之以卧病在床为由让自己的儿子信吉、信政代为出阵;他们在夏之阵的冈山天王寺最后决战交战，合共杀死了29名敌兵。信之是真的身患重病起不了床吗?只怕多半还是不愿意与弟弟信繁再次兵戎相见吧?要知道信之活了九十三岁，不要说在当时，就是在当代，都是惊人的长寿了。这样一个身体强壮的人真的会在不到五十岁时就卧床不起吗?果然，信之与大坂方私通的传言开始流传，信之只好前往江户城，以消除幕府的怀疑。

后来信之从父祖流传下来的领地上田被移封至松代时，信之将历代上田当地的藩政相关资料全部烧毁，并且将城内的树木、庭石等物品全部搬走，表示对命令的不满。

明历二年(1656)，九十一岁的信之宣布隐居，请求幕府让次子信政继承松代藩十万石，孙子信利继承沼田藩三万石。操劳了一辈子的信之显然很高兴能放下肩上的担子，于次年七月移居松代城外的柴村，出家号称一当斋。信之的祖父幸隆号一德斋，父亲昌幸号一翁，可见真田家法号的通字可能是“一”。然而令信之万万没有想到的是，信政从沼田城带着家臣进入松代城后，仅仅半年，就于万治元年(1658)二月五日病死了。于是围绕新的继承人人选，真田家经历了一次被称为“真田骚动”的大动荡。真田信政是信之与小松殿所生，大坂城之战时与哥哥信吉一起代替父亲参战，在担任沼田藩藩主时因为积极从事开发新田等工作而被称为开发狂，是颇有能力之人。在成为松代藩第二代藩主时，信政将三万石的沼田藩交给了侄子信利，可信政一死，他与侧室所生的孩子又已成为他人养子，身边只剩下才两岁的幼儿(以后的幸道)。虽然预感自己可能快要死去，信之已经立好给幕府老中与家臣们看的“想让幸道做继承人”的遗嘱，但家臣们并不知道信之的真实想法。由于信之可能会推荐孙子信利继任松代藩第三代藩主，家臣中旧有的“上田众(川中岛众)”和新来的“沼田众”之间产生了意见分歧。虽然信之想着松代与沼田其实是一体，但家臣之间还是会有隔阂的吧?此时信之的外孙、肥前岛原藩主高力高长也提出应该让信利继承松代藩。因为信利的母亲是曾任老中的酒井忠世之女，也是四代将军家纲时代颇有权势被认为是“下马将军”的大老酒井忠清的姑母。因为这层关系，酒井忠清也推荐信利担任第三代松代藩主，继承真田宗家。围绕究竟由谁来继承，支持幸道与支持信利的家臣们矛盾日益激化，由于信之支持幸道，结果拥立幸道的家臣占了大多数，并最终提出如果决定由信利继任则固守城池死也不退出。担心引发骚动的酒井忠清只好承认由幸道继承家业。至此，这场持续了四个月的“真田骚动”终于落下帷幕。