身躯粗壮平扁；四肢发达，肩带中无锁骨，但在前胸骨中可能存在单枚纤长的锁间骨，乌喙骨与肩胛骨以骨端密接，外侧凹陷构成肩臼；前肢短，5指，内侧3指有爪，指骨2、3、4、4(5)、4；后肢粗长，由髂骨与坐骨构成髋臼，耻骨不入臼窝，也不互相会合，4趾(第五趾萎缩)，内侧3趾有爪，趾骨2、3、4、5；指、趾之间张有发达程度不一的蹼。尾粗壮长大而侧扁，与躯干并无截然分界，为游泳及获俘的利器。体鳞发达，背面被有大形隆起的角鳞，自颈后沿脊背部成两列纵行棱鳞，直抵尾梢；腹鳞矩形而较小，横排成列，内部或鳞下承以来源于真皮的骨板，相邻的骨板间为柔韧的革质皮肤所连接，略可活动。

颅骨背面雕蚀纹明显；外鼻孔合一，居于吻端，四周被前颚骨所包围；次生腭由前颚骨、上颚骨、腭骨及翼骨合成，两侧的上颚骨和腭骨接遇于中线；内鼻孔后移接近咽头并开孔在翼骨上；上颞窝小(食鱼鳄则大于眼窝)或隐失；眼窝位于头部背侧，无巩膜骨环，眶前窝罕见，眶后柱下沉；方骨与颅骨固结，常与方轭骨、鳞骨、枕骨等彼此愈合；耳咽管被包入颅内，仅在大孔腹面前方有一耳咽管孔作为左、右耳咽管的共同开口；外鼻孔及外耳孔都有支配启闭的肌肉瓣膜；犁鼻器不发达。两颚皆有着生于齿槽内的锥形齿；下颚外窗发达，部分夹板骨参与了下颚联合(symphysis mandibulae)，联合的长短随吻缘的长度而异。舌无活动性肌肉，粘连于口底，不能伸缩；舌骨器很发达；舌根后有一喉褶，与之相应的腭部另有一下垂的腭帆，两者相接时可将咽部与口腔隔绝开来，因此当鳄鱼的吻端露出水面或在水下猎食时，仍可正常进行呼吸；肺十分发达，状如海绵。