1983年起，先后任河南省广播电视大学副校长兼校务委员会秘书长，南阳地区行署副专员，省交通厅副厅长，港澳国际珠江有限公司董事长。

1994年7月至12月，石发亮担任郑州市著名的“四桥一路”(均为高架桥路)建设工程指挥者之一。他主持修建的郑州市紫荆山立交桥工程，仅用180天工期完成两年的施工任务。石发亮因此被评为河南省1995年“十大新闻人物”之首。

1999年10月，石发亮开始主持河南省交通厅全面工作，2000年5月，被省委、省人大、省政府正式任命为省交通厅党组书记、厅长。

2001年，在石发亮的带领下，河南省交通系统在全国拿了三个第一：一是高速公路通车总里程在全国排名第一；第二，公路、路网增加的里程在全国排第一；第三，投资总量的增加幅度在全国排第一，高速公路通车总里程由2000年全国第13位跃居到第6位。