1949年中国人民解放军第一野战军创建的第一兵团卫生学校。

1996年经教育部批准，隶属农业部的原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建石河子大学，所属划归新疆生产建设兵团（以下简称兵团）。

2000年学校被中央确定为西部重点建设高校。

2001年石河子大学商学院成立。

2004年被确定为兵团和教育部共建高校。

2008年进入国家“211工程”重点建设高校行列。

2012年入选国家“中西部高校综合实力提升工程”重点建设高校行列。

2024年，根据石河子大学定位定向的决策部署，五家渠校区规划为石河子大学承担非学历继续教育的主要园区；学院职能进一步确定为立足五家渠校区，以非学历教育、在职培训为主，学历提升教育为辅，逐步组织开展继续教育，推进应用人才培养基地内涵建设。学院将依托石河子大学学科、师资的综合性优势，发挥地缘优势，整合校外优质教育资源，稳步开展高等学历教育，大力开展非学历教育，勠力服务于新疆、兵团社会经济发展,打造高质量、有特色的继续教育培训品牌，争取三到五年，成为新疆、兵团学历继续教育的“试验区”和非学历继续教育的“创新区”。