1898年《展拓香港界址专条》附图中的石湖墟

石湖墟在设墟前为采石场，名称当中的“石湖”就是采石场的意思。

石湖墟在1930年代设立，并成为当时区内重要的商业中心，早年由上水乡事委员会管理石湖墟的农业买卖活动。但1955年及1956年发生了两场大火，使石湖墟沦为颓垣败瓦，1964年才重建完成，现有墟内建筑物多是当时才建立的。于1993年政府把位于新成路的旧街市迁到现时的石湖墟新街市。

清朝康熙元年（1662年），清廷为了严防沿海居民对台湾郑成功进行接济，实行迁界，沿海五省居民向内地迁界五十里，令沿海居民流离失所。康熙四年（1665年）两广总督周有德及广东巡抚王来任上奏请求复界，至康熙八年（1669年）清廷批准复界，居民才可回乡重建家园。居民在两人逝世后，集资在石湖墟兴建“报德祠”，以纪念两人的恩惠。1955年大火时焚毁“报德祠”，石湖墟现时袛剩下巡抚街纪念两人。