更新时间：2024-09-25 11:34
寺内供奉的主神是九仙君。据传说，汉武帝时，江西省临川县有名士叫何任侠(亦叫何□)，帮助淮南王刘知安谋事有功，被委任为福州太守。他有九个儿子在福州于山炼丹修行，到仙游县九鲤湖得道后，来到福清石竹寺显灵，称为九仙君。当地民间流传着“春祈石竹梦，冬求九鲤签”。春季(特别是农历正月初一至十五日)和冬季到石竹寺祈梦或抽签者川流不息。此外，福清民间还广泛流传叶向高年青时在石竹寺九仙阁祈梦灵验的故事。叶向高说：“石竹何氏所栖，岩壑奇绝，祈灵如响，先少师公(向高之父)为诸生，得梦甚验，余为孝廉往祈，仙告以腰系白玉带，余以为妄，而其后果然。”名宦叶向高祈梦偶然巧合应验，助长宗教迷信的传播。自明代以后，不仅有大量福清人，而且临近福清的长乐、莆田、连江、闽侯、平潭等县也有不少人往石竹寺祈梦、求签或烧香拜佛，寺僧每年从中得到大笔收入。所以，石竹寺一向被僧人视为利薮，成为他们的摇钱树。民国时期的宝义和尚(莆田人)、正诚和尚、李吓银居士，都因主管石竹寺而发了横财。僧人为得到石竹寺住持位置，经常争斗不休。由于石竹寺成了和尚的聚宝盆，遂为土匪所垂涎，屡遭土匪抢劫，民国时期尤其严重。
1950年土地改革时，石竹寺有4个和尚，分到5.3亩山地。他们收入除靠耕种土地外，还有祈梦来客以及各地信士的捐款。抗美援朝时，石竹寺和尚积极响应党和政府的号召，为抗美援朝捐款人民币70万元(旧人民币)，系东张地区捐献最多的单位。1988年石竹寺有僧人和工作人员共35名。
寺院初创时叫灵宝观，宋宣和三年(1121年)改为灵宝道观。宋乾道九年(1173年)丞相史浩重修。因寺院周围树林葱郁，奇石幽洞多，又盛产竹子，故改名为石竹寺。明万历年间，叶向高辞职返乡，登山时，“见仙楼颓敝，佛殿将倾，鸟道崎岖，登陟甚苦”，于明万历四十四年(1616年)与举人石映斗募建观音阁和僧房。明万历四十六年(1618年)，举人董大理重建九仙楼。
民国元年庠生邱式金重建仙君楼、天宝阁、土地堂、大雄宝殿等。现寺院建筑物乃民国初所建，系土木结构，由大雄宝殿、伽蓝殿、九仙楼、玉皇阁、土地堂等组成。大雄宝殿进深3间，面阔3间。寺院依山建造，青瓦红墙，画栋雕梁，虽规模不大，却十分壮观。
1978年后，石竹寺面貌大为改观。1983年福清爱国华侨捐款建造新山门、凉亭，铺山道和修复寺院，并在寺的东边新建一座招待所和食堂。
石竹寺不仅是福清名刹，而且是久负盛名的文化胜地。宋朝著名理学家朱熹曾到此畅游，明丞相叶向高不仅在此搞过祈梦、求签活动，还在此攻读经书，得到功名后，于万历四十四年(1616年)重游石竹寺时，在洗耳泉、牛脚洞二处的绝壁上分别题刻二诗，至今尚清晰可见。明代著名地理学家和旅行家徐霞客，到石竹山探胜，在《徐霞客游记》中详细记述了他畅游石竹山的经过。清道光年间的刑部尚书陈若霖、清末太子太师陈宝琛都曾到此游览并留下题匾。国民党元老、福建省政协副主席萨镇冰于民国12年写了一幅“扫除名利”的题匾，至今尚留存寺中。历代名宦、文人在山崖绝壁上刻石留词或题匾，尚有20余处。石竹寺是一座佛道共处的寺院。1981年2月25日，列为县第一批重点文物保护单位。