真州苗人卢阿项作乱，石邦宪用兵七千人编筏渡江，直抵磨子崖。估计敌贼必定来进行夜袭，预先防备。敌贼到达后，被他们击败。敌贼向播州吴鲲求援。诸将感到恐惧，石邦宪说：“水西宣慰使安万铨，是播州所畏怕的。我调水西之兵攻乌江，声讨杨烈纵吴鲲助叛逆之罪，杨烈哪有空暇救人呢？”之后，水西之兵到达。石邦宪进逼敌人的巢穴，乘风放火，斩关而登，敌贼大崩溃，擒住敌贼首领父子，歼俘四百七十多人。石邦宪晋署都督同知。

石邦宪攻破地隆阡叛苗四砦，又攻破答千诸砦，擒住他们的巨魁。地隆阡派遣敌贼龙老三、龙得奎勾结龙停苗人老夭、扳凳苗人石章保等人纵兵抢掠，捉拿石耶洞土官的妻子冉氏带回去，攻击梅平砦。官军要擒拿龙老三。龙得奎走脱幸免，又与老夭等人攻破平南营囤。石邦宪侦察得知冉氏在老夭那里，表面议说要赎她，而暗中击杀老夭。官军于是进入龙停砦，一并捉拿扳凳砦苗人龙老丙，命令他献出石章保。由此诸苗全部被降服。白洗、养鹅的诸苗反叛，石邦宪征讨并擒住敌魁，降服一百多砦。

湖广溆浦（今属湖南怀化）瑶人沈亚当等作乱，总督石勇檄令石邦宪讨伐他们，石邦宪生擒沈亚当，俘歼二百多人。甫溆浦平，铜仁、都匀的苗人互相煽动进行反叛。石邦宪亟驰回来，率领守备安大朝进剿。先攻破彪山砦的敌贼，乘胜以谋略平定诸砦。俘虏敌贼的头子龙老罗、王三等人，余党全部平定。石邦宪又与总督黄光升，修筑湖北的墩台、烽土侯一百多所，招降冷水溪诸洞苗二十八砦。

播州容山的副长官土舍韩甸与正长宫土舍张问相互攻击，韩甸多次取得胜利，于是他纠集生苗在湖、贵境内抢劫，将近二十年。张问也纠集党徒自助。石邦宪讨伐张问，斩敌一百多人，张问潜逃，被擒获。官军乘胜攻入韩甸的巢穴。遇上天黑，下大雨，官军迷失路径。守备叶勋、百户魏国相等人陷入埋伏之中，战死。石邦宪突围而出，带军回到镇远。再次征讨韩甸，敌贼沿江防守。石邦宪佯装与他抗争，而另外从上游三十里处缚竹渡江。水陆并进，大破敌贼。斩杀韩甸，容山被平定。石邦宪晋右都督。

不久石邦宪与巡抚吴维岳招降平州叛酋杨珂，剿平龙里卫敌贼阿利等人。在这个时候，水西宣慰使安国亨恃众跋扈，谒见上官时，辞色不善，往往煽动兵众喧哗鼓噪而出。石邦宪召见他谴责说“：你想造反吗？我看见你如釜中的游鱼。你的兵与云、贵、川、湖的兵相比谁的多？你有四十八个酋长，我铸四十八个印给与他们。早上下令，傍晚就把你给灭了。”安国亨叩头谢罪，颇为收敛。

隆庆元年(1567)，石邦宪剿平镇远的苗人。之后，他又攻破诛灭白泥土官杨斌贝和苗人酋长龙力水等人。部内之人对他服服帖帖。

石邦宪生于贵州，长于贵州，熟悉苗族风土人情。他善于用兵，经过的战斗大小有数十近百次，无不被他摧毁攻破。先后晋俸禄有四次，赏赐银币十三次。他所得的俸赐，全部用来招待士兵，家中没有多余的资财。做总兵官十七年，威镇蛮中。他和四川的何卿、广西的沈希仪并称一时的名将。

隆庆二年(1568)，死在官任上。赠官左都督。葬于石仙山脚下，工部尚书孙应鳌亲自为其撰写墓志铭。铜仁东山、湖南溆浦曾建有石公祠祭祀之。据《贵州通志》《重刊清平志》《铜仁府志》《麻江县志》和《黄平县志》等中记载，元戎坊、凯旋桥（现名海星桥）、凯旋溪、小风洞、太极洞和黄平旧州卫学及铜仁南方长城（部分）均由其主持修建。

张翀《赠石南塘总戎》：“老将西南日，雄提百万兵，斗牛横剑气，草木动风声。得士黄金贼，投壶白玉轻。池中谁赤子，天外有长城。”

石邦宪在其《次韵答张子仪先生》的诗中这样写道：“叹息西南服，频年未解兵。无才当重任，野战浪驰声。圣主 恩何厚？微劳报以轻。残躯能健在，誓靖百蛮城。”

曾祖父：石宗，清平卫指挥使

祖父：石瑛，清平卫指挥使

父：石坚，清平卫指挥使