1978年，焦柳铁路南段枝柳线建成通车，铁路经过石门县城设站，因京山铁路有石门站，故站名冠以石门县站，是属广州铁路局怀化铁路分局管辖。

1993年2月，广州铁路局改建广州铁路(集团)公司，石门县站改属怀化公司管辖。同年石长铁路（石门县--长沙）开始修建，在既有焦柳线石门县站上行方向修建的石门县北站，作为长石铁路于焦柳铁路的接轨站。

1995 年7月26日，石门县北站建成，开始临时营运。

1998年1月8日，石长铁路全线胜利贯通，10月1日全线开始营运。因石门县北站处于枢纽位置，客运列车更多的停靠石门县北站，石门县站地位大不如前。