一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，着手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计划应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。

多年后，弹劾凰试制机体终于制造成功。但是实验的结果却惨不忍睹。机体不听指挥的狂奔而爆炸。不仅牺牲了驾驶员性命也造成了无数研究员的死伤，开发计划因此遭到重挫。但是弹劾凰机械人关系到人类的未来，开发计划并不能停顿。与那岭博士重新吸收资金来源，招集新的科学家秘密地重建基地不仅挽救了开发计划并使计划再开……