硅藻土矿床的形成与玄武质岩浆喷发有关，成矿时代较新，均形成于古近纪一新近纪及第四纪。硅藻土的矿床成因类型有三种：①玄武岩建造沉积型硅藻土矿床，陆内裂谷玄武岩浆喷发间歇期，成矿于邻近的湖盆中。矿层产于玄武质火山岩岩系中，长、宽几百至几千米，厚几米至十几米。矿石呈白色块状、书册状、微层状构造，生物结构，质轻疏松多孔。是中国的主要矿床类型，如吉林长白马鞍山、山东临朐解家沟、云南腾冲、浙江嵊州和内蒙古土贵乌拉硅藻土矿床。②河湖碎屑建造型沉积硅藻土矿床，二叠纪玄武岩风化为硅藻提供了营养物质，在邻近的古近纪一新近纪湖盆中沉积成矿。矿层产于湖相碎屑堆积中，长、宽几百至几千米，厚几米至十几米，但矿石质量差。如四川米易回汉沟硅藻土矿床。③海相沉积硅藻土矿床，产于海相沉积岩系中，矿层常与泥灰岩、白垩或粘土互层，常含磷或海绿石，有的含矿岩系中夹火山岩，矿石质量较好，矿层薄，规模大，中国未见此类型矿床。