在大西军联合南明朝廷共同抵抗清军的同时，东南沿海的郑成功部队也展开了对清军的反击。永历五年(1651年)五月，郑成功率领明军出击闽南，并于当月二十五日进入海澄境内的磁灶。清漳州总兵王邦俊也率一千骑兵、二千步兵，于二十六日抵达磁灶附近，与明军对峙。郑成功料定清军骄傲轻敌，便决定采用伏击战术，他派一镇兵力埋伏于磁灶山坑南，一镇兵力埋伏于磁灶坑北，两镇镇兵力埋伏于磁灶社内，另派三镇兵力前往诱敌。清军果然中计，虽然清军凭借骑兵顽抗，但郑成功部队装备了藤甲兵，即以三人为一组，一人执藤牌掩护，一人砍马，一人砍人。在明军猛烈的攻击之下，清军溃不成军，王邦俊率领败军落荒而逃，明军取得了磁灶大捷的胜利。

磁灶大捷大大鼓舞了闽南的抗清民众，郑军旧将黄兴、黄梧先后归附郑成功。而郑成功叔父郑鸿逵也倍感欣慰，将其部分兵力拨给郑成功。