学校曾经两度调整，三易其名。1997年，原如皋市何庄中学和如皋市城西高中两所农村薄弱学校合并新建为如皋市城西中学。2004年，如皋市城西中学晋升为“江苏省三星级重点高中”。2011年，如皋市政府第四十二次常务会议讨论决定，原如皋市城西中学、磨头中学、丁堰中学合并组建如皋市第二中学，合并后的新校址在原如皋市城西中学。

2012年，原如皋市城西中学、如皋市磨头中学、如皋市丁堰中学三所学校合并，组建“如皋市第二中学”，校址选在原如皋城西中学。如皋市第二中学（原如皋市城西中学）地处如城西郊，毗邻新204国道，占地面积99929平方米。

2021年，通过2020学年度晋星评估，成为江苏省四星级普通高中。

教师中有南通市骨干教师1位，如皋市学科带头人2人，南通市德育标兵1位，如皋市骨干教师、教坛新秀8位，如皋市德育标兵2位，如皋市优秀教研组长、优秀班主任4位，如皋市学科基地成员11位，一大批青年教师在教育教学岗位上兢兢业业，锻炼才干，大批新人崭露头角，脱颖而出。绝大多数教师都开设或正在开设选修课和活动课，60%以上的教师具有高中循环教学的经历。该校化学、政治等学科组是如皋市优秀教研组，多次受到市教育局表彰。各学科拥有一批教学能手，每个学期都面向全市开设示范课、观摩课，鞠九州、陈亮等老师为全市同行作讲座，一批青年教师在教学比武和指导学生竞赛中频频获奖。