前者常冠以底物名以便与后者区别，如己糖-6-磷酸酯酶等。后者又根据其催化反应时最适pH值条件将其分为四个类型，即Ⅰ至Ⅳ型。Ⅰ型，又称碱性磷酸酯酶(alkaline phosphatase；EC 3.1.3.1；分子量8.0×104～1.9×105)，最适pH值8.6～9.4，在pH值7.5～8.5稳定，可被Mg2+或其他二价阳离子活化。对水解磷酸甘油(为该类酶的标准底物)中的α-异构体比β-异构体快，在机体中主要分布在骨、肠黏膜、肾、乳腺等。在细胞中它属于膜结合蛋白之一。Ⅱ型，又称酸性磷酸酯酶(acid phosphatase；EC3.1.3.2；分子量2.3×104～9.6×104)，最适pH值5.0～5.5，在pH值5.0～6.0之间最稳定，不能被Mg2+所活化，氟化物对它们有明显抑制作用，对磷酸甘油作用同Ⅰ型。Ⅲ型，最适pH值3.0～4.2，在pH值4.5～5.5之间最稳定，pH值7.0时很不稳定，Mg2+对它们有抑制作用，对标准底物作用与Ⅰ型同。Ⅳ型，最适pH值5.0～6.0，在pH值6.5～7.5下最稳定，Mg2+、Mn2+对它们有活化作用，对标准底物作用同I型，在红细胞、微生物中均含有之。