祁连镇地势西部高东部低。地形为丘陵半山区。主要大山有黑鄂博掌、响水顶、老虎沟顶等。境内最高峰车龙北梁顶，位于祁连镇最西端与毛藏乡交界处，海拔4574米；最低点苦水沟口，位于祁连镇东面的蒋家坡，海拔2200米。

祁连镇属温带大陆性干旱半干旱气候。年平均降水量为370毫米，降雨多集中在7—10月，占全年降水量的70%以上。日极端最高气温29.5℃，日极端最低气温-27℃，年平均气温1.6℃，年日照时数2450小时，无霜期135天，冻结期为10月中旬至次年4月份，最大冻结深度1.70米。

祁连镇境内主要河流有南岔河、宽沟河、冰沟河，自西向东流入凉州区。境内河道长约27千米，属石羊河水系。

祁连镇有干旱、低温、霜冻、洪涝等。最为严重的一次山洪发生在1996年6月27日，全镇5个村均遭遇强降雨引起的洪水灾害。2600亩庄稼被淹，600余头（只）牲畜被冲走，沿途公路、桥梁、树木、房屋及其他建筑物不同程度毁坏，造成直接经济损失423万元。

祁连镇境内矿藏资源有重晶石、煤、铜、铁等。其他自然资源中，野生动物有鹿、麝、旱獭、雪鸡、石羊、蓝马鸡等；野生中药材有秦艽、羌活、冬虫夏草、大黄等。祁连镇有耕地面积2.3万亩，人均4.1亩，以山旱地为主。草原面积48万亩，森林面积85万亩。林木主要有云杉、柏、桦和山杨等。

2011年末，祁连镇辖区总人口5638人，其中城镇常住人口224人，城镇化率4%。另有流动人口334人。总人口中，男性2902人，占51.47%；女性2736人，占48.53%；14岁以下846人，占15.01%；15—64岁4290人，占76.09%；65岁以上502人，占8.9%。总人口中，以汉族为主，达5302人，占94.04%；少数民族为藏族，共336人，占5.96%。2011年，人口出生率6.83‰，人口死亡率4.03‰，人口自然增长率2.8‰。

截至2018年末，祁连镇户籍人口为3626人。

2011年末，祁连镇财政总收入280万元。从各主要税种看，完成营业税39万元，企业所得税14.3万元。农牧民人均纯收入1981元。

2011年末，祁连镇实现农业总产值2920万元。粮食作物以小麦为主。生产粮食2585吨，其中小麦1320吨。经济作物以油菜籽、豌豆和高原夏菜为主。2011年，蔬菜种植面积1448亩，产量4303吨。

祁连镇畜牧业以饲养牛、羊、家禽为主。2011年，生猪饲养量0.2万头，年末存栏0.1万头；牛饲养量0.4万头，年末存栏0.3万头；羊饲养量5.4万只，年末存栏4.1万头；家禽年饲养量3.6万羽。畜牧业总产值1300万元，占农业生产总值的46%。

祁连镇以发展乡镇企业为主。2011年末，乡镇企业增加值1142万元，工业增加值476万元。

2011年末，祁连镇有商业网点25个，从业人员45人。2011年，社会商品销售总额650万元，比上年增长12%。城乡集贸市场1个，年成交额180万元。

2011年末，祁连镇金融机构有祁连农村信用合作社，各类存款余额2500万元，比上年增长13%；各项贷款余额1800万元，比上年增长8%。

2011年末，祁连镇有文化站1个，村级文化活动中心5个，各类图书室5个，藏书2万余册。2011年末，学校体育操场2个。1个村安装了健身器材，经常参加体育活动的人员占常住人口的30%。2011年末，祁连镇有广播电视站1个，全乡使用卫星接收电视，5个村全部实现“村村通”目标，有中央电视台1—3套和甘肃省及武威电视台在本地落户。

2011年末，祁连镇有小学5所，在校生496人，专任教师7人，小学适龄儿童入学率100%；初中1所，即祁连初级中学，在校生330人，专任教师29人。初中适龄人口入学率、小升初升学率、九年义务教育覆盖率均达100%。

2011年末，祁连镇有农业技术人员4人，畜牧技术人员5人，农民技术员7人。

2011年末，祁连镇有乡卫生院1个，卫生技术人员8人，其中执业医师2人，执业助理医师2人，注册护士4人。病床16张。村医疗卫生所8个，医护人员8人。2011年，新型农村合作医疗参合人数5318人，参合率95.8%。

2011年，祁连镇城镇最低生活保障户数16户，人数34人。农村最低生活保障户数429户，人数1932人；农村五保分散供养48人。民政部门医疗救助379人次，支出40万元，资助参加合作医疗367人次。国家抚恤、补助各类优抚对象27人。年末参加新型农村社会养老保险3437人，参保率61%。

祁连镇有151县道经过境内。

祁连镇因镇人民政府驻祁连村而得名。祁连，匈奴语，意为天山。