初为明参将，曾是袁崇焕军中大将之一，袁崇焕守宁远的历次战役中都立过大功。崇祯中，从祖大寿降皇太极军，世袭牛录章京职。擢礼部参政。

顺治六年 (1649年) ，随征大同，督红衣炮克太原有功。旋随陈泰征福建，佐军务，攻克四县，招服一州五县。以功授三等阿达哈哈番。七年、九年三遇恩诏，加至一等阿达哈哈番。

顺治九年（1652年）秋七月戊戌，以祖泽远出任湖广四川总督。

顺治十年（1653年）六月，谕吏部：湖南、湖北疆境辽阔，军务甚繁，命祖泽远专督湖广。寻授湖广总督加太子太保、兵部尚书兼都察院右副都御史，得世职一等阿达哈哈番。

顺治十三年（1656年）九月，湖广总督祖泽远疏报：衡、郴等州县霪雨为灾，漂溺人畜。下所司知之。己巳，京察，湖广总督祖泽远以才力不及，降一级，解任回京。