1986年9月起先后任林业部造林经营司副司长、司长，林业部党组成员。

1993年7月任林业部副部长。

1998年3月任国家环境保护总局副局长、党组成员。

2002年2月任国家环境保护总局副局长、党组副书记。

2004年10月任国家环境保护总局副局长、党组副书记、中央纪委驻国家环境保护总局纪检组组长。

2006年12月任中央纪委驻国家环境保护总局纪检组组长、国家环境保护总局党组成员。

祝光耀是十六届中央纪委委员。