由于受近代文化思潮的影响，祝味菊主张中医改革，提倡立足中医，融汇西医，以更好发展中医。祝氏认为，中医病因病机比较抽象晦涩，不如西医病理解剖之逻辑镇密，但西医却详于器质，忽于官能，故此，祝氏在《病理发挥》《诊断提纲》等书中以中西医汇通的思路，从西医的角度阐述了营卫、气血、六淫、七情、舌脉之象等，弥补了中西医二者之不足。祝氏根据临床客观实际，并结合西医病因学理论，辩证地将“邪”分有机之邪和无机之邪，并指出二者在外感发病中的相互联系。

八纲辨证，是中医辨证理论体系中的重要组成部分，其思想源于《内经》，奠基于张仲景《伤寒杂病论》，后世医家对“八纲”亦有阐述。然而，真正首次创造性提出“八纲”一词的乃是祝味菊先生。同时，祝氏还对这四对辨证名词做了明确的定义，指出它们之间的相互关系。伤寒五段论，是祝氏在对张仲景《伤寒论》外感热病六经辨证认识的基础上，根据邪正相争之趋势所独创的辨证方法。他认为，一切外感疾病中，正气抗邪之趋势不外五种阶段，六经证候亦不出“五段”范围，即太阳为开始抵抗，少阳为抵抗不济，阳明为抵抗太过，太阴、少阴为抵抗不足，厥阴为最后之抵抗，此五阶段乃从正气之盛衰、抵抗之强弱来阐述伤寒之六经。可见，伤寒五段论与八纲学说在逻辑上是一脉相承的。

祝氏认为，医生治病，不外乎针对病原治疗和扶助人体正气以抗病两大方法，即所谓“治病”(祛邪疗法)与“治人”(本体疗法)。他认为“病原繁多，本体惟一，病原之发现，随时代而变迁，人体之自然疗能，历万古而不易”“大凡营卫不调之病，往往因生温放温之奋起调节而自愈，此所谓自然疗能也”故积极倡导本体疗法，且一直以“匡扶其自然疗能，控制其疾病”为主导思想，形成了独特的以“治人”为本的医学体系。

祝氏受“火神派”创始人郑钦安的影响，加之其自身中西医汇通思想，使得重阳学说得到进一步的升华。在临床上，祝氏善用附子，甚至在外感病中也常以大量附子为主药，常可出奇制胜，屡起沉疴，故被誉为“祝附子”，这不仅仅是其临床用药之习惯，乃是与其对重阳学说独特而深刻的理解有关。

历代医家对发热之症，治疗上常以祛风、散寒、清热、化湿等祛邪疗法治之。然而，祝氏受西方医学的影响，客观认识到发热乃病原微生物所引起，其为机体抗病之正常反应，故对于发热，他并不以消除发热为目的，而是协助人体自然疗能以抗邪，治疗上主张调整阳气，维持人体适度之抵抗。

祝味菊先生是中西医汇通派的积极提倡者和代表人物之一，学术上衷中参西，崇尚温阳，首提“八纲”一词，独创“伤寒五段’“本体疗法”等思想，新解发热机制，重识四气五味，临床上善用附子，创多种温热配伍法，五段辨治疾病，临床疗效奇佳。

祝味菊先生学识渊博，中西汇通，崇尚温阳，首提“八纲”，独创伤寒五段学说和本体疗法，善用附子，配伍独特，继承和发扬了仲景之学，他既是沪上“火神派”的代表人物，更是海派中医中独树一帜的医学家。

祝味菊先生以温热扶阳为诊疗特色的临床风格在近代中医史上是很有影响的。他的《伤寒质难》更是敢于挑战传统理论，敢于开拓创新，启迪后学的传世佳作。尤其由祝先生创立的邪分有机无机、五段辨病学说、自然本体疗法等学术主张，迄今仍有着进一步深人研究的价值。

1.真理只有一个，是非不能并存，医而合符真理，应无中西之分。中医能够医好病是事实，事实里面就有真理，我们应当用科学的方法，去发掘说明这事实背后的真理。世间没有毫无理由可言的事实，没有永远不能解释的奇迹。

2.“邪有无机有机之别:无机之邪，六淫之偏胜也，风寒暑湿燥火，及乎疫疠尸腐不正之气，凡不适于人而有利于邪机之蕃殖者，皆是也;有机之邪，一切细菌原虫，有定形、具生机，可以检验而取证于人者，皆是也……伤寒之成，有形之有机邪为主因，无形之无机邪为诱因，彼二邪者，狼狈为奸，每伺人于不察焉” 《伤寒质难·客邪区分有机无机》

3.“杂病种类繁多，古人以为不出八纲范畴，明八纲，则万病无遁形矣。所谓八纲者，阴阳、表里、寒热、虚实是也。”

4.“太阳之为病，正气因受邪激而开始合度之抵抗也;阳明之为病，元气偾张，机能旺盛，而抵抗太过也;少阳之为病，抗能时断时续，邪机屡进屡退，抵抗之力未能长相继也;太阴、少阴之为病，正气懦怯，全体或局部之抵抗不足也;厥阴之为病，正邪相搏，存亡危急之秋，体工最后之反抗也。一切时感，其体工抵抗之情形，不出此五段范围，此吾卅十年来独有之心得也。”

5.“附子为将军药，性极猛烈，用得其当，效如俘鼓，用失其当，其害立见。必须仔细辨证而后用之。”

6.“人有常温，寒暑无变，生理所需要者，名曰平温(平人体温，常在三十一七度间，高低不过半度而己)；邪之所干，正气抗之，病理所需要者，名曰抗温(伤寒抗温最佳卅十八九度间)；抗邪太烈，矫枉过正，生理所难堪，病理所不需者，名曰亢温(伤寒四十度以上，持久不降，自觉难堪者，即为亢温)。平温者，基温也；抗温者，善温也；亢温者，害温也。”