因九峰围视，取九龙探珠之意，在此建寺。原有大雄宝殿、观音殿、法王殿、藏经楼等，气势恢宏、错落有致、雕梁画栋、古朴肃穆。几经焚毁，几经修葺，现存前进楼房，中进大雄宝殿和两边耳房。院内有柴王井、龙纹石阶。殿墙嵌有庙产碑及明、清两代修寺碑文。民国9年《全椒县志》载：“神山寺，在县西神山内。唐大历年间建。宋太祖从背山之策破滁，经此寺前，故白石阶皆龙纹。今尚存有石井，深七尺，凿石为之。父老相传，寺僧令工得石一升，与钱一升云。”

山上古木参天，路转峰回，清泉涓涓，萦绕寺前。寺系唐大历年间建，历代均有修葺。寺旁有神仙洞，传闻有一道士居于洞中，以白石为餐。唐滁州刺史、诗人韦应物《寄全椒山中道士》诗，“今朝郡斋冷，忽念山中客。涧底束荆薪，归来煮白石。欲持一瓢酒，远慰风雨夕。落叶满空山，何处寻行迹？”因而神山寺名闻久远。