收藏有含国宝21件，重点文物76件，共计38000件收藏品。其中特别有名的是16世纪到17世纪的南蛮绘画。这些屏风或卷轴上的绘画的灵感来源于传教士带来的欧洲文艺复兴艺术，部分作品描绘出当时葡萄牙舰队登陆日本的场景，因为容易受损，所以这些绘画一年仅展出40天（7月末到9月初）在剩余阶段，只能欣赏复制品以及参观有关神户考古和历史的其他展品。