更新时间：2023-07-18 23:32
天长元年（824）其子真绢将其移至现址，改寺名为神护国祚真言寺。延历二十一年（802）和气弘世、真绢邀请南都的高僧及最澄至此举行天台三大部的讲会。
二十四年，自唐归国的最澄在此地举行日本的第一次灌顶。弘仁三年（812），空海亦于此举行金刚界灌顶、胎藏界灌顶。天长元年（824），空海管理本寺。其后，空海移住高野山，由真济继任第二世。久安五年（1149）堂塔遭祝融，濒临荒废。仁安三年（1168）文觉致力劝募，终得后白河法皇、源赖朝等人的捐献，遂再度复兴。其后，又逢应仁兵乱，寺庙土地被没收，遂至荒废。大永年中（1521～1528）庆真加以修复，并因丰臣、德川两氏的援助，重建诸堂。明治四年（1871），寺庙土地再次被没收而衰退。十九年，香川县八栗寺高幢龙畅再度修建，从此渐渐复兴。
本寺佛像多为平安初期的作品，本堂的药师三尊是弘仁时代佛像，钟楼的铜钟夙称三绝之钟（其上有橘广相的序词、菅原是善的铭文、藤原敏行的书法）。寺宝有两界曼荼罗二幅。又，寺域溪谷多红叶景色，而与栂尾、槙尾合称三尾，驰名东瀛。
《神护寺略记》；《文觉四十五个条》；《高雄山中兴记》；《高雄山神护寺缘起》。