福州出入境检验检疫局是隶属于福建检验检疫局的副厅级分支机构，于2006年4月正式挂牌成立。负责福州市行政辖区（除福清市、平潭县、福州机场外的）出入境人员、货物、运输工具、集装箱及其它法定检验检疫物的检验检疫工作。福州检验检疫局共下设8个正处级业务处室，分别是法制与综合业务处、卫生检疫处、食品检验处、动植物检疫处、机电化矿检验处、轻纺检验处、海港处、检务处；5个正处级行政处室，分别是办公室、人事处、财务处、政工处、监察室；3个正处级办事处，分别是马尾办事处、长乐办事处、保税区办事处，1个科级检验检疫办公室（黄岐检验检疫办公室）。