1966年，“文化大革命”开始，个体中医诊所停办。省人民医院因西医人员比重日益增大而失去原有中医院的特点，市人民医院迁往北峰山区。全校220名教职工（不包括附属单位），有180名被下放。

1972年成立的福建医科大学中医系继续培养中医药人才，薪火相传，延续着福建中医学院的使命。

（以上数据统计时间段：1969.夏-1978.秋）

1976年，福建省委作出恢复福建中医学院的决定，并成立筹备领导小组。经国务院批准福建中医学院正式复办。

1978年3月，福建省委决定在福州 环城区 洪山镇 树兜 五四北路 新建校舍；11月8日，福建中医学院举行挂牌仪式与开学典礼，当年秋季招收中医医疗专业（本科）178人；复办初期，只设1个综合办公室，到1979年5、6月间才逐步架构起各部门工作框架。

1980年5月，省政府批准在福州吉祥山中医学院旧址筹建福建中医学院附属医院，并于同年底成立附属医院筹备处；7月1日，省政府决定附属医院复名为福建中医学院附属人民医院，正式挂牌。

1985年，学校开始发展研究生教育。

1988年至1997年，学校共获省厅级以上课题212项；1998年至2008年，该校共中标课题1446项，其中国家级课题35项，省部级课题303项，厅局级课题613项，校级课题495项；1978年至1987年间，学校共有 82 项科研成果受到国家和省市的嘉奖（国家和部、委级奖的有20项，华东地区和省、市级的有62项）；1998年至2008年，该校成果获奖162项，其中国家级行业奖18项，省部级50项，厅局级13项，其他奖项81项；1977 年至 2008年，学校医教研人员单独或参编，并正式出版的著作有 258部，并编写了一批教材；1978 年至 2008 年，学校教研人员在医学杂志上公开发表了1万多篇学术论文。

1994年，学校共设中医系、骨伤系、针灸推拿系、中药系和现代医学部、公共基础部，有4个本科专业、4个专科专业、5个硕士点。教职工其中中级职称250多名。

2002年，学校在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”成绩。

2003年，成为福建省重点建设高校。

2005年7月，成立中西医结合研究院。

2006年5月，学校专门成立陈可冀中西医结合发展基金，资助省内外中西医结合研究项目。

2007年9月3日，组建了福建中医学院资产运营有限公司。同年，学校在教育部组织的本科教学工作水平评估中再次获得“优秀”成绩。

2008年，学校再次被列入福建省重点建设高校。

2010年3月18日，教育部印发《关于同意福建中医学院更名为福建中医药大学的通知》，学校正式更名为福建中医药大学。

2013年1月，入选国家级大学生创新创业训练计划项目。

2015年4月，福建中医药大学入选国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革试点高校。

2016年，学校顺利通过本科教学工作审核评估，康复物理治疗（PT）和作业治疗（OT）分别通过世界物理治疗联盟（WCPT）、世界作业治疗联盟（WFOT）国际教育标准认证。

2018年，入选福建省一流学科建设高校行列，其中中西医结合、中医学入选福建省A类高峰学科，中药学、护理学、药学入选福建省高原学科，临床医学、管理学入选福建省应用型学科。

2019年7月，学校入选福建省一流大学建设高校。

2020年3月，临床医学专业通过教育部专业认证；9月，福建中医药大学氢疗研究院成立；9月20日，加入海西医学联盟。

2022年2月20日，民盟福建省委会向福建中医药大学捐赠《精正大医图》仪式在福建中医药大学中医药文化博物馆举行。入选第一批“三全育人”综合改革试点单位名单。

2023年10月，福建省人民政府、国家中医药管理局联合印发《关于共建福建中医药大学的意见》，标志着福建中医药大学正式进入省部（局）共建高校行列。

截至2024年4月，学校设有13个学院（部），2个研究院，开设19个本科专业。

截至2024年4月，学校有4所直属附属医院，其中附属人民医院是国家中医临床研究基地，附属第二人民医院是国家中医药传承创新工程重点中医医院，附属第三人民医院是国家级中医药高层次人才培养基地，附属康复医院是通过国际康复质量认证委员会（CARF）认证的康复专科医院；有11所非直属附属医院、9所临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所；屏山校区设立国医堂医院。

截至2024年4月，学校有教职医护员工（含4所直属附属医院）6000多人，其中具有高级职称的专业技术人员1000多人；拥有1名中国科学院院士（双聘教授）、1名国际欧亚科学院院士、3名国医大师、5名全国名中医、3名国家中医药传承与创新“百千万”人才工程（岐黄工程）岐黄学者、4名青年岐黄学者、2名“全国中医药杰出贡献奖”获得者、6名教育部教学指导委员会委员（其中中医学类专业教学指导委员会副主任委员1名、中西医结合类专业教学指导委员会副主任委员1名），1名国家“万人计划”青年拔尖人才；拥有一批“百千万”人才工程国家级人选、国家和卫生部有突出贡献的中青年专家、国务院特殊津贴专家、国家级名老中医学术继承人指导老师、全国百名杰出青年中医、全国优秀教师等，1支团队入选“全国高校黄大年式教师团队”。有2个国家级教学团队。

截至2024年4月，学校拥有9个国家级一流本科专业建设点、4个国家级特色专业、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目、1个国家级大学生校外实践教育基地、1个国家级人才培养模式创新实验区、1个国家中医临床教学培训示范中心、10门国家级一流本科课程、2个国家级课程思政示范项目、3门国家级精品课程、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1门国家级双语教学示范课程，1个国家级首批虚拟教研室建设试点。

学校主编“十二五”“十三五”“十四五”规划教材67部。获教学成果奖国家级一等奖1项、二等奖2项，省级特等奖7项、一等奖19项、二等奖21项。获教师教学类竞赛省级及以上特等奖4项、一等奖45项、二等奖53项、三等奖46项，其中国家级一等奖2项、二等奖3项、三等奖3项。

截至2024年4月，学校有2个博士后科研流动站；有3个博士专业学位授权点，有6个硕士学位授权一级学科，有5个硕士专业学位类别；有11个国家中医药管理局“十一五”中医药重点学科，9个国家中医药管理局“十二五”中医药重点学科，8个国家中医药管理局高水平中医药重点学科建设项目，中医学、中西医结合2个学科入选福建省第二轮“双一流”建设主干学科，5个学科入选省中医药重点学科建设项目。临床医学学科、药理学与毒理学学科进入ESI全球排名前1%行列。

截至2024年4月，学校有2个国家发展和改革委员会国家地方联合工程研究中心，1个教育部重点实验室，1个教育部省部共建协同创新中心，1个国家中医药管理局中医康复研究中心，3个国家中医药管理局重点研究室，8个国家中医药管理局三级科研实验室，1个国家中医药管理局中医药文献检索中心，4个省级协同创新中心，9个省级重点实验室，3个省级工程（技术）研究中心，7个省级临床医学研究中心，2个省级大数据研究所，2个省级产教融合研究生联合培养基地，1个闽澳科技合作基地，4个省科协优秀科普教育基地，14个省级各类实验室、基地及中心。

截至2024年4月，学校先后有826项科研成果受到国家和省市等各级奖励，其中国家科学技术进步二等奖1项，教育部科学技术进步奖（科普类）二等奖1项。近五年来，学校进一步推进科技创新，加大科研投入，共承担科研课题近3400项，其中国家级项目160余项，实现了国家科技部重点研发计划项目、国家科技部重大新药创制项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金区域联合基金项目及国家社会科学基金的突破。

一、“福建省道地药材雷公藤、太子参、泽泻的新药研发” 该校陈立典教授主持研究的“福建省道地药材雷公藤、太子参、泽泻的新药研发”获福建省科技重大专项资助（2009YZ0001），该专题总投资经费1200万元。

二、“肝脏重大疾病新药的研发” 由该校洪振丰教授主持研究的 “肝脏重大疾病新药的研发” 获科技厅2010年福建省科技重大专项资助（2010YZ0001）。该专题总投资1100万元。

福建中医药大学于2000年至2020年间累计以第一完成单位国家科学技术进步奖二等奖1项。

截至2023年12月，福建中医药大学图书馆纸质资源总量152万册（其中线装古籍图书2264种，共计11905册）；电子图书140万册，电子期刊62万册，中外文数据库40个。

《康复学报》

《康复学报》是由福建中医药大学、科学出版社共同主办的CSCD来源期刊、中国科技核心期刊、中华中医药学会中医药科技期刊分级目录T2级期刊、世界期刊影响力指数(WJCI)报告来源期刊（双月刊，ISSN 2096-0328，CN 35-1329/R）。主要报道康复医学领域有关临床、科研等方面的经验和成果；康复医学的新理论、新技术、新方法；与康复医学密切相关的基础理论研究等。

《福建中医药》

《福建中医药》是由福建中医药大学、福建省中医药学会共同主办的省级学术刊物（月刊，ISSN 1000- 338X，CN 35-1073/R）。曾入选全国优秀科技期刊、华东地区优秀科技期刊、福建省优秀科技期刊。主要报道中医药领域有关临床、科研等方面的经验和成果；中医药学的新理论、新技术、新方法；与中医药学密切相关的基础理论研究等。

截至2024年4月，学校是内地第一所招收台湾学生、最早一批招收外国留学生的中医药院校，现已形成博士、硕士、学士、短期进修等多层次、多规格、多形式的对外对台港澳教育格局，在美国、澳大利亚、东南亚及台港澳地区的校友已成为当地中医药界的骨干力量；与20多个国家和地区的近百所高等院校、科研医疗机构和学术团体建立了交流合作关系；学校率先建立了福建省第一个海外中医药中心——“中国—菲律宾中医药中心”；获批福建省医学类相关专业首个中外合作办学项目——护理学专业中外合作办学项目；持续打造对外对台交流活动品牌项目，举办了十五届“海峡两岸中医药学术交流研讨会”、十四届“海峡两岸中医药传统文化研习营”、3期“‘海丝’中医健康大讲坛”。

1、标志体现地缘文化特点。标志主体由抽象化字母“F”“J”和太极图组合变化构成。“F”“J”各为“福”“建”汉语拼音的首位字母，突出福建中医药大学的地域特征。太极图阴阳合抱的造型是传统中医的象征性标志，它体现了中医阴阳和谐的理念。

2、标志寓示中医院校使命。标志主体似诊脉之手，喻示福建中医药大学秉承中医传统，以救死扶伤为己任；标志又似扶携之手，喻示福建中医药大学传道、授业、解惑，带领莘莘学子走进中医的学术殿堂；标志又似传播之手，喻示福建中医药大学肩负弘扬祖国医学的重任，向世界传播中医药知识。

3、标志突出办学理念特色。标志主体形成浪花造型，展示了福建中医药大学独特的地域优势，努力为海内外学术交流作出积极贡献；跃动的浪花还体现福建中医药大学不断推陈出新，努力将学校建设成为现代外向型中医药大学。

4、标志展现古今融合内涵。标志主体运用传统的赭红色，既具有浓郁的民族特色，又与旗山校区的建筑用色相吻合；同时标志富有时代气息，暗喻学校是一所传统与现代相结合的高等院校。

5、1958年为学校的创立时间。

“大医精诚”出自唐代孙思邈的《备急千金要方》。“精”指熟练的专业技能，“诚”指高尚的道德品质，惟有医术精湛、医德高尚者方能称为“大医”。

“止于至善”出自《礼记·大学》：“大学之道，在明明德，在亲民，在止于至善。”“至善”追求的是完美的境界，是一丝不苟、精益求精、追求卓越的时代精神，正是大学精神之所在。

“大医精诚、止于至善”激励全校师生医护员工紧紧围绕“精诚”二字不懈努力，直至达到“至善”的最高境界，既体现了学校培养德才兼备中医药人才的特点，又突出了学校孜孜以求、不断进步的办学理念。

截至2024年4月，学校官网显示，福建中医药大学共占地1030亩，各类建筑总面积36万多平方米。有两个校区。

屏山校区位于福建省福州市五四路282号，设有国医堂医院。

旗山校区位于福建省福州市闽侯上街邱阳路1号。

福建中医药大学各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，被授予“全国中医药文化建设先进单位”“全国绿化模范单位”荣誉称号。