福建台湾巡抚是台湾建省后的最高行政长官。巡抚之官制，始于宋朝之巡抚大使，其职责为巡视安抚地方；明清时期以巡抚为地方长官，正二品。 依例兼兵部侍郎、都察院右副都御史衔，总揽一省或一地的军、民、刑、政，地位稍逊总督，但仍属平行。有总督之省，则理民事不干军政，若无总督，巡府遇事可以专主，省中所设之布政使（掌钱粮）、按察使（掌刑名）归其节制。

1885年（光绪11年）台湾建省后，清廷先裁撤福建巡抚，将此官缺移设台湾巡抚。由于改制之初，需要福建协饷，故在台湾巡抚官衔加福建二字，全称为福建台湾巡抚。台湾省会设于桥孜图（今台中市），巡抚理当驻此，唯因省城未建，暂驻台北府，并设有钦差行台作为驻省办公之处。1894年省会改设于台北府。

清代褔建台湾巡抚共有四任，依序为刘铭传、沈应奎、邵友濂、唐景崧。 首任巡抚刘铭传任期五年多为最久，其在台主政，推动洋务建设，尤以交通与军事较具成效。 1891年去职后，布政使沈应奎短暂护理（代理）4个月，之后接任巡抚的邵友濂，原为刘铭传巡抚任内的 布政使，知台甚深，由于刘铭传大举新政，财务透支，遂只能选择重点完成，予人「尽废」洋务之感。然在其任内仍扩建台北机器局，铺设铁路到新竹。最后一任唐景崧，在1894年甲午战争爆发后临危受命护理，面对日军的军事压力，虽仍尽力布防，仍不能免于割台的命运。