1977年起，学校招收4年制本科生。1978年，恢复招收研究生。1979年8月，福建农学院在福州金山建校。1981年，学校获全国首批硕士学位授予权，1984年，获全国第二批博士学位授予权，1986年，全院迁回福州市校址。1994年1月，福建农学院更名福建农业大学。

2000年，福建农业大学和福建林学院合并为福建农林大学，时任福建省省长习近平同志为福建农林大学授牌。

2003年，学校被确定为福建省重点建设高校。2006年4月，教育部批准学校试办金山学院。 2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。2012年，农业部、国家林业局分别与福建省人民政府共建福建农林大学。2013年10月，学校与安溪县合作在该县参洋片区创办安溪茶学院。2014年9月，入选国家首批卓越农林人才教育培养计划改革试点高校。同年，成为成为福建省重点建设的三所高水平大学之一。2015年6月，学校在福州地区大学城旗山校区一期工程竣工。

2016年7月，被教育部评为首批全国创新创业典型经验高校。11月，入选全国高校实践育人创新创业基地。同年，入选教育部和国家外国专家局联合组织的“高等学校学科创新引智计划”（简称“111计划”）。2018年3月，入选福建省“双一流”建设高校（福建省一流大学建设高校）。

2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。9月，被国家知识产权局、教育部确定为第三批国家知识产权信息服务中心。2022年9月，福建农林大学作为成员单位成立福建省高校马克思主义理论学科联盟。

2023年5月8日，福建农林大学与安溪县人民政府合作共建的福建农林大学安溪校区、安溪茶学院（数字经济学院）正式揭牌。8月29日，福建农林大学菌草与生态学院揭牌成立。12月1日，由福建农林大学等共同发起的福建省文化和旅游研究联盟成立。

2024年1月16日，福建农林大学蜂学与生物医药学院揭牌成立。3月27日，福建农林大学政和乡村振兴研究院在政和廖俊波先进事迹传习地揭牌成立。6月13日，福建农林大学大食物观研究院在金山校区举行揭牌仪式。7月8日，福建农林大学福建公益慈善研究院揭牌成立。10月20日，福建农林大学科技成果转化签约暨特色产业链成果发布会在学校常盛会议中心举行，重点推介21个特色产业链服务方案、124个优质品种、500个重点专利，切实推动科技创新和产业创新深度融合。

截至2024年4月，福建农林大学设有23个二级学院，开设本科招生专业80个。

截至2024年4月，福建农林大学有教职工3195人；共有省级及以上高层次人才881人次（500人），其中国家级人才152人次（79人），国家级高层次人才中有中国科学院院士2人、国务院学科评议组成员4人、万人计划15人、长江学者12人、国家杰青8人、国家优青15人、国家有突出贡献中青年专家8人、国家百千万人才工程人选13人。拥有国家级教学团队2支、全国高校黄大年式教师团队2支、教育部创新团队1支、科技部“创新人才推进计划”创新团队2支和农业农村部创新团队2支、国家林业和草原局科技创新团队3支。具有全国最美教师、全国模范教师、全国优秀教师等先进典型。

截至2024年4月，福建农林大学有11个一级学科博士点和2个博士专业学位授权点，12个博士后科研流动站，以及26个一级学科硕士点和17个硕士专业学位授权点。在福建省新一轮“双一流”建设中，植物保护、林学、生态学3个学科被确定为重点支持建设学科。10个学科领域进入ESI全球排名前1%，其中植物学与动物学、农业科学2个学科进入ESI全球排名前1‰。学校具有2个国家重点学科（含培育），2个农业农村部重点学科，9个国家林业和草原局重点学科（含培育）；6个福建省高峰学科，12个福建省高原学科，覆盖了农学、理学、工学、经济学、管理学、法学、艺术学7个学科门类。

截至2024年4月，福建农林大学获批国家和省级一流本科专业建设点46个，占招生专业的47.5%。建有2个国家级实验教学示范中心和2个教育部虚拟教研室，9个专业通过工程教育认证，建成300门国家级和省级一流本科课程。入选国家创新人才培养示范基地，2个基地入选国家“高等学校学科创新引智计划”。

福建农林大学2000至2022年间，获得多项教学成果奖。

学校与地方政府合作共建11个地方产业研究院、9个县域乡村振兴研究院，在全省51个县建立60家科技小院（占全省91%），有力支撑福建农业产业发展和乡村振兴。

截至2024年4月，福建农林大学是教育部“接收中国政府奖学金来华留学生院校”，来自39个国家150余名留学生在校攻读学位。2013年，学校与南非德班理工大学共建孔子学院，累计培养1万多名学员，获评全球先进孔子学院和全球示范孔子学院。现有1个非独立法人中外合作办学机构——戴尔豪西大学联合学院和5个中外合作办学项目，与国外知名高校开展20余个学生联合培养和交流互换项目。贯彻落实中央支持福建探索海峡两岸融合发展战略部署，先行先试探索闽台农业科教融合发展新路径，率先对台湾地区单独招生，与台湾高校、科研机构共建创新平台22个，面向台湾农业行业协会连续17年招收农民函授学历生449名，获批教育部和国台办对台教育交流项目。

截至2024年4月，福建农林大学具有8个国家级科技创新平台、40个部级科技创新平台。国家级平台包括省部共建国家重点实验室1个、全国重点实验室（共建）1个、国家工程技术研究中心2个、省部共建“2011协同创新中心”2个、国家地方联合工程实验室2个。同时，建有教育部重点实验室（工程研究中心）4个、教育部国际合作联合实验室1个、教育部区域和国别研究中心1个、农业农村部重点实验室（研发中心、试验站、分中心）14个、国家林业和草原局重点实验室（工程技术研究中心、研究中心、研究基地）10个、自然资源部工程技术创新中心1个。

截至2024年4月，福建农林大学先后获国家科技进步奖一等奖等国家三大科技奖35项，居福建省属高校首位。在农林作物基因组、植物学基础研究领域产出一批标志性研究成果，先后破译甘蔗、龙眼、菠萝、四倍体花生栽培种、兰花、睡莲、闽楠、斑茅、番木瓜、福州单瓣茉莉与双瓣茉莉、六倍体麻竹等基因组。学校以第一完成单位或通讯作者单位在《Science》《Nature》《Cell》三大顶级期刊上发表14篇高水平论文，数量居中国高校第22位、福建省属高校首位。

截至2024年4月，福建农林大学图书馆由福州金山校区的逸夫图书馆、李常盛图书馆、旗山校区图书馆和安溪校区图书馆4个馆组成，馆舍总建筑面积为68200平方米。拥有图书馆馆藏纸质图书（含期刊装订本）334万册,电子图书（含电子期刊）351万册。

截至2024年5月，福建农林大学出版有福建农林大学学报（哲学社会科学版）、福建农林大学学报（自然科学版）、森林与环境学报、亚热带农业研究、生物安全学报、林业经济问题、武夷科学7种学术期刊。

《福建农林大学学报（哲学社会科学版）》是由福建农林大学主管和主办的综合性学术理论期刊，创刊于1998年。主要刊登有关农业、农村和农民问题的最新研究成果，兼顾刊载其他社会科学方面的学术论文，主要栏目有《马克思主义与当代研究》《乡村振兴研究》《经济管理研究》《公共管理研究》《旅游管理研究》《法学研究》等。该刊先后被列为《中文社会科学引文索引（CSSCI）》扩展版来源期刊、《中国学术期刊评价研究报告》（RCCSE第六版）核心学术期刊（A-）、全国高校优秀社科学报等。

《福建农林大学学报（自然科学版）》创办于1953年，双月刊，是综合性农业科技期刊，主要报道农业、林业、生物、环境及相关学科领域的最新研究成果、研究进展。栏目主要有作物科学、植物保护、园艺科学、林业科学、动物科学等。为“中国科学引文数据库”（CSCD）来源期刊、中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国农林核心期刊（A类）等，属综合性农业科学类中文核心期刊；同时被日本科学技术振兴机构数据库（JST）以及国内的知网、万方、维普、超星、钛学术、长江文库等数据库收录。

《森林与环境学报》创刊于1960年，由福建农林大学、中国林学会主办，为双月刊。主要报道林学学科和森林与环境方面的基础研究、应用研究的最新成果，其刊发稿件的范围主要包括森林生态学、森林培育、森林经理学、森林保护学等方面的学术论文。该刊为中国科学引文数据库（CSCD）来源核心期刊；北大中文核心期刊；中国科技核心期刊；RCCSE中国核心学术期刊等。并被《中国科学引文数据库（CSCD）》《中文科技期刊数据库（全文收录）》《中国期刊全文数据库》等数据库收录。

《亚热带农业研究》是由福建农林大学主管和主办的综合性农业科技期刊，季刊。主要刊登与亚热带农业生产，特别是种植业相关的学术论文、研究简报和综述等，所设置栏目包括作物科学、林业科学、园艺科学、生物与环境、植物保护、食品与工程、农业生态与可持续发展等。2020至2023年，均被收录为“中国科技核心期刊”。

《生物安全学报（中英文）》是由中国植物保护学会与福建省昆虫学会共同主办的面向生物安全科学国际前沿的中英文学术杂志（季刊），2017年10月被收录为“中国科技核心期刊”，2019年被中国科学引文数据库（CSCD）扩展库收录，2021年入编《中文核心期刊要目总览》。该刊主要刊载入侵生物学学科发展的新理论与新假设、农业转基因生物的生态与社会安全性、农用化学品对生物急性/慢性毒性累加过程与效应、高端新技术等方面论文，同时开辟学术聚焦、科技论坛、政策通讯、科技书评等栏目。

《林业经济问题》创刊于1982年，由福建农林大学、中国林业经济学会主办，刊载有关林业经济方面的原创学术作品，包括森林生态经济、森林旅游、生态旅游、森林资源人口承载力与劳动力转移等专栏。该刊被中文科技期刊数据库全文收录；被CNKI中国知网中国期刊全文数据库（CJFD）收录；被万方数据——数字化期刊群全文收录。被选为中国人文社会科学引文数据库（CHSSCD）来源期刊、中国核心期刊（遴选）数据库来源期刊等。

《武夷科学》（Wuyi Science Journal）创刊于1981年，系福建省科学技术厅主管，福建农林大学作物病虫生物防治研究所主办的综合性农业科学学术期刊，主要刊登自然科学领域（动植物、昆虫、土壤、地理、环境等）研究论文、综述和观点性论文。

福建农林大学校徽为正圆形，由学校中、英文名称及图案组成。标志中心主图以福建农林大学英文的首字母“F、A、F、U”演变设计组合而成。双手捧绿色小苗由由字母“A”和“F”的结合变形设计而成，体现农林办学特色，寓意关爱、培育下的苗壮成长。由字母“U”变形设计而成的白鸽形态，象征着和平、友谊、团结、自由。校标色彩设计以绿色搭配小面积的橘黄色。标准色为绿色，定名为“农林绿”。绿色寓意福建农林大学事业蓬勃发展，黄色象征了丰收。

福建农林大学校训为“明德 诚智 博学 创新”。其意为明德惟馨，厚德载物；诚以做人，智以处世；博学笃志，学以致用；勤奋进取，发明创新。

福建农林大学校歌为《福建农林大学校歌》由郑心南作词，萧雨化作曲。

截至2022年12月，福建农林大学具有89个学生社团，其中思想政治类4个、学术科技类33个、创新创业类4个、文化体育类42个、志愿公益类6个。包括网球协会、篮球协会、果雕协会、尔雅汉服文化协会等。2023年11月，福建农林大学举办“一站式”学生社区社团风采展暨第十三届昆虫文化节，风采展分为的“德”“智”“体”“美”“劳”“耕读特色”和“昆虫文化”等六个主题展区。设有标本制作、菌草培育、植物拓染、蜂疗推拿等体验活动，以及昆虫摄影大赛。此外还设有大学生舞影协会的街舞表演、野生动物保护协会的笛子独奏等节目，展示社团特色。

截至2024年4月，福建农林大学具有金山校区、旗山校区、安溪校区和南平校区（基地）共4个校区，校园占地4900余亩。

福建农林大学金山校区（校本部）位于福建省福州市仓山区上下店路15号。校区内设有农学院、植物保护学院、园艺学院、林学院、生命科学学院等教学机构。校区内建有创新楼、田家炳楼、诚智楼、B和D教学楼、马克思主义学院楼、菌草研究院楼等教学场所。

福建农林大学旗山校区位于福建省福州市闽侯县溪源宫路63号。校区占地面积832亩，规划校舍总建筑面积约36万平方米，一二期已建成并投入使用约21万平方米。设有艺术学院园林学院、材料工程学院、机电工程学院和交通与土木工程学院，以及国家菌草工程技术研究中心、国家甘蔗工程技术研究中心、种业创新研究院等科研机构，具有全日制在校生近7千人。

福建农林大学安溪校区位于福建省泉州市安溪县东二环路。校区设立于2023年，其设有安溪茶学院，该学院是由福建农林大学与安溪县委、县政府共同合作创办的二级学院，占地面积1200亩，建筑面积18.48万平方米。

福建农林大学南平校区位于福建省南平市延平区西芹镇兴华二路296号。校区占地面积约308亩，为原福建林学院办学地。2019年7月与科教基地管理中心合署，转型后为学校重要的实践教学基地、科研后勤保障基地、培训基地和农林通识教育基地。具有建筑面积约92000平方米，有教室、食堂、礼堂、运动场、学生宿舍、招待所等教学、办公、运动、食宿设施，可同时容纳500名师生食宿。

湿地公园位于福建农林大学内，占地面积约30亩，为恢复性湿地公园，公园内具有苍鹭、白鹭、红骨顶、白骨顶等几十种野生鸟类。因其生态保持完好，吸引了白鹭、苍鹭、池鹭等鸟类纷纷在此“安家”，成为野生鸟类的“天堂”。

中华名特优植物园位于福建农林大学内，占地面积7万多平方米，模拟中国行政地图并按省划分为34个园，每个园分别种植该省在南方能正常生长的名特优植物、名特优花卉和名特优中草药等。如“福建园”的高Z红豆杉，高T白茶，高P葡萄等。该园主要作为园林、园艺、农学等专业“植物学”课程的教学基地，作为中国主要名特优植物的种质资源库等。

观音湖，又名半月池，自古与福州市的“西湖”齐名，历史上系闽剧始祖曹学佺所建的“石仓园二十景”之一。总面积六万多平方米，坐落在校内金山路北侧。校内求知路将观音湖分成东西两个湖面，湖面设有石拱桥，其具有半圆形的桥孔。东西两个湖面，各有一座湖心岛，岛上建有雕塑——“金色未来”。西侧湖面设有荷花池，湖中荷花品种繁多，有红建莲、太空莲等10余种。

截至2024年4月，福建农林大学先后培养输送30万多名优秀毕业生，涌现出著名园艺学家李来荣、著名农学家卢浩然和周可涌、著名昆虫学家赵修复、林业经济学科主要奠基人张建国等一大批学术大师和兴业英才。