博物馆占地11482平方米，建筑面积30718平方米，由拱辰楼（主楼）、春华楼（东楼）、秋荣楼（西楼）、东阙楼、西阙楼五楼构成。馆内设九厅一院，涵盖两个故宫专题展厅、世茂珍藏展厅、海上丝绸之路展厅、丝路山水地图数字展厅、特别展厅、多功能报告厅、两个贵宾厅以及紫禁书院（泉州分院），同时配套文创空间、文物库房、博物馆主题餐厅、游客中心、警务联络点、地下车库、公交首末站等设施，常年举办各种类型的展览、教育和文化交流活动，提供开放服务，以打造传承中华文化的新地标、国际展示交流的新窗口、弘扬海上丝绸之路文明的新高地。