福田净寺前身实为建国初尚存的东田寺，又附以初建于清代中期的“严家庵”（原址在泗泾镇北张泾6号，比丘尼庵院）等寺院的重建增辉。松江史志资料《水乡古镇话泗泾》专文指出：泗泾镇的形成，起于庙会。宋真宗咸平到祥符年间，即公元998至1008年间，于今地处泗泾的上海温度仪表厂东至沪松江公路边广袤百亩间，就兴建了东田禅院并宝塔，成为一方信徒的香火之地。建国后上海最早出版的乡镇志《泗泾镇志》载：“泗泾地区自宋朝真宗年间始建东田寺起，即有佛教传播……本镇规模和影响最大的寺庙是东田寺（即小普陀）。”

1994年，严家庵获准为临时宗教活动场所，负责人为尼慧清。2000年6月，由松江区佛教协会提仪，经上海市民族和宗教事务委员会、松江区人民政府批准，改为比丘道场。是年圆通宝殿落成，因泗泾镇北宋已有东田寺，且至1958年遗址尚存，熟谙松江佛教史的松江佛教教协会会长、西林禅寺方丈性修老和尚，将新寺院正名为福田净寺，以慈念东田寺历代高僧大德弘法之功，并激励后贤弘法之志。并由性公主持圆通宝殿落成庆典，参贺信众达数百人。从此将泗泾镇上原有八座小庙的土地集中，迁址移地到今址（城隍庙旧址）重建其它殿宇。至2006年8月，念佛楼、圆通宝殿、天王殿、钟鼓楼、东厢房、功德堂、斋堂均己竣工。至于法乳堂、西厢房、生活楼也竣工在即。圆通宝殿的东北侧还保存有一株五百多年树龄的银杏树。另有一株象征古镇泗泾历史的1300多年的古银杏已非命于文革，其曾干霄蔽日的，庇荫近亩。后将巨大躯干送区博物馆保存。东田古塔已重光于泗泾西市桥北堍，易名福田安方塔。