更新时间：2024-11-01 02:30
战舰上，尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。从众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化，明日香告诉他，EVA的驾驶者受到EVA的诅咒，是永不会变化的。此外真嗣又得知，初号机中获救的仅得他一人，而他奋力从使徒手中救出的绫波丽并没有在初号机的驾驶舱里，不能接受这一事实的真嗣，更得知他再也不需要驾驶EVA，并被迫戴上炸弹项圈，只要他想离开战舰或登上EVA，美里就会引爆炸弹。听到这一切后，真嗣继续抑郁。
与此同时，战舰受到EVA MARK09的袭击，从MARK09上感觉到丽的真嗣毅然跃入MARK09的手中离开战舰，美里直到真嗣离开到引爆器电波范围外都没能下定决心引爆炸弹。MARK09被8号机打掉头部。
回到NERV本部的真嗣，看到荒芜的景象后震惊不已，在通道上他遇到正在弹钢琴的渚薰，之后再13号机制造室里遇到碇源堂，碇源堂让真嗣在13号机完成后和渚薰一起操纵13号机后就离开了。之后从碇源堂和冬月的对话里得知丽其实是被救出了但是和碇唯一样留在了初号机里了。
真嗣和渚薰每天一起弹钢琴，两人关系变亲近，真嗣也渐渐恢复了精神。但是一直不解美里她们要叛变还不许自己再次登上EVA。渚薰带真嗣去看如今变成死地的地表并告诉他这一切都是14年前真嗣自己引起的。当时虽然真嗣只是一心想着要救丽，但他的行动直接引发第三次冲击。而丽是他母亲的克隆。
知道真相后的真嗣再度一蹶不振，认为驾驶EVA一点好事都不会发生。13号机完成后也拒绝行动，渚薰开导他并把戴在真嗣脖子上的炸弹摘下戴到自己的脖子上，告诉真嗣这炸弹本来就是准备用来炸死渚薰的。只要他们两人操纵13号机拔出朗基努斯枪和卡西乌斯枪的话，他们就能拯救世界。真嗣终于决定登上13号机。第13号机同绫波丽驾驶的Mark.09一起抵达了中央大垂直沟的最深处，在此薰看到Lilith和EVA Mark.06分别被长枪贯穿，然而在此，遭到明日香的改2号机和真理的8号机的袭击，薰此时拒绝出战。薰试图阻止拔出枪（2把都是朗基努斯之枪，并非一朗基努斯一卡西乌斯，朗枪在新剧场好像是有三把，而且在初号机觉醒之后还有很多情节都应该被编进第四部倒叙 另外还有破的演职员表之后有渚薰用卡枪把初号机刺穿阻止三冲并说一句这次一定只让你一个人幸福的剧情，再加上之后差点再一次毁灭世界可以确定真嗣和渚薰肯定是被碇源堂给忽悠了），但遭到真嗣的拒绝，将薰对EVA的控制切断（似乎本来是真嗣强行驾驶，在接近枪时傀儡系统启动了，因为真嗣说了一句怎么控制不能）拔出了两把枪。之后，第2使徒Lilith的尸骸土崩瓦解，潜藏在Mark.06体内的第12使徒重又开始活动。Mark.09将Mark.06的头斩落，出现黑色的带状使徒将第13号机绕起来，此时第13号机觉醒，全身布满核心的第12使徒迅速缩小，然后被吞噬。战斗再开，这次2号机战9号机，8号机战13号机。由于9号机整体都是核所以明日香无奈选择射出控制舱并引爆2号机，9号机里的丽也逃离。另一边，由于第四次冲击开始，薰脖子上的炸弹被引爆，可是冲击还是继续进行，玛丽强行射出真嗣的控制舱才阻止了冲击。
陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。
演职员表资料来源
日文名：碇シンジ（IKARI SHINJI）
别名：碇真治
国籍：日本
性别：男
出生日期：2001年6月6日
Q设定年龄为：28岁
血型：A型
声优：绪方惠美
身份：第三适任者/第二新东京市立第一中学2年A班学生是EVA初号机的驾驶员，第三适格者（THIRD CHILDREN）
由于亲眼目睹了母亲在试验事故中被“消灭”，再加上父亲的冷酷无情，给他带来了莫大的精神压力，与渚薰共同驾驶十三号机
中文名：式波·明日香·兰格雷
日语：惣流・アスカ・ラングレー（动画）、式波・アスカ・ラングレー（新剧场版）
英语：Asuka Langley Soryu、Asuka Langley Shikinami
罗马字：Sōryū Asuka Rangurē、Shikinami Asuka Rangurē
身份：第二适任者、二号机的驾驶员、第三新东京市立第一中学2年A班学生
Q设定年龄为：28岁
性别：女
生日：2001年12月4日
血型：O型
出生地：德国
国籍：美国
母亲：惣流·恭子·齐柏林
前任监护人： 加持良治
现任监护人：葛城美里
班级：第三新东京市市立第一中学2年A组
声优：宫村优子
中文名：渚薰
日文名：渚カヲル
英文名：Nagisa Kaworu
声优：石田彰
性别: 男
Q设定年龄为：29岁
生日：CE2000年9月13日(和第二次冲击是同一天)
星座：处女座
血型：AB型
身高：约160cm
左右身份：The Fifth Children
日文名：真希波·マリ·イラストリア
港版官方中文译名：真希波·真理·伊拉丝多莉亚斯
大陆民间中文译名：真希波·玛丽·伊兰崔亚斯
罗马音：Makinami Mari Illustrious
性别：女
出生地：英国 （“破”的蓝光dvd版内的册子里标明）
生日：3月31日
声优：坂本真绫（さかもと まあや、1980年3月31日 ）
Q设定年龄为：28岁
日文名：葛城ミサト
其它翻译：葛城美里、葛城见里、美里罗马
发音：Katsuragi Misato
角色定位：EVA女主角之一
Q设定年龄为：43岁
生日：1986年12月8日
星座：射手座
身高：163cm
血型：A型
毕业学校：第二东京大学
声优：三石琴乃
美里带领一部分NERV人员脱离NERV，并组成了WILLE阻止人类补完计划。
日文名：赤木リツコ
英文名：Akagi Ritsuko
出生日期：11月21日
身份：NERV技术开发部博士/MAGI系统管理员（剧场版q脱离NERV）
血型：O型
Q设定年龄为：44岁
声优：山口由里子
日文名：日向マコト
中译名：日向实/日向诚/日向庚
英文名：Hyuga Makoto
身份：NERV中央作战司令部成员（剧场版q脱离NERV）
官阶：二尉
直属：葛城美里
日文名：青叶シゲル
中译名：青叶茂
英文名：Aoba Shigeru
身份：NERV中央作战司令部成员（剧场版q脱离NERV）
官阶：二尉
直属：冬月幸增
生日：5月5日
年龄：30岁
声优：子安武人
日文名：碇ゲンドウ
中译名：碇源堂
译名：有碇元渡、碇源堂、碇严道
身份：NERV头目
Q设定年龄为：62岁
声优：立木文彦
出生日期：1969年4月29日
他从年轻时代起就是一个相当神秘的人，为了加入NERV组织而接近碇唯。而后在几乎毁灭世界的第二次冲击发生后，他就全力投入解析死海文书、对抗“使徒”，计划着人类补完计划和其他种种相关的问题。
身份：NERV中央作战司令部成员（剧场版q脱离NERV）
阶级：中尉
曾直属上司：赤木律子
WILLE人员：高雄コウジ
《桜流し》
作曲: 宇多田光、Paul Carter
作词: 宇多田光
编曲: 宇多田光、Paul Carter、河野圭
歌：宇多田光