1917年，增设中医科，学制为预科1年、本科4年。张謇主张学生先学中医数年，然后再学西医，规定中医科学生毕业后再学西医科者免缴学费。

1918年7月，张謇出钱向德国购买X光机、手术器械、化学仪器等大小数百件，充实学校和医院。

1919年下半年停办预科。是年，张謇选派10多名成绩优异的学生去日本三井医院、顺天堂医院、上井医院进行毕业实习。之后又派教师和学生去日本东京帝国大学、大阪医大、神户医大等高等学校参观访问。

1920年，私立南通医学专门学校聘德国外科专家夏德门（Dred Schel Demann）医学博士，任南通医院总医长兼教员。

1921年在教育部立案后，遵部章取消中医科。自1912年学校创办至1926年张謇逝世，南通医学专门学校先后毕业西医本科生168名，中医本科生37名。

1927年，私立南通医学专门学校更名为私立南通医科大学，医院更名为南通医科大学附属医院。改为医科大学后，学制五年，办了三届，第四届起学制改为六年。

1928年8月，经过私立南通大学筹备委员会五次会议的认真讨论和慎重研究，张孝若将私立南通医科大学、私立南通纺织大学和早在1919年就已定名的私立南通农科大学合并，定名为私立南通大学（Nantung University），农、医、纺三所高校分别成为私立南通大学的农科、医科、纺科，张孝若出任校长，李希文、王志鸿、张谊分任医、农、纺织三科科长，医院更名为南通大学医科附属医院。私立南通大学成立后随即上报南京国民政府教育部备案待批。

1928年9月17日，私立南通大学筹备委员会在私立南通大学农科校区召开第五次会议，讨论礼聘校董事宜，决定敦聘李煜瀛、于右任、李宗仁、秦汾、何玉书、钱永铭、张轶欧、许璇、荣宗敬、周威、吴兆曾、徐肇钧、褚民谊、张孝若、王志鸿、李希贤、陆费执、戴尚文、张谊之社会名流、国民政府军、政要员十九人组成私立南通大学校董会（Nantung University Board of directors）。校董会阵容如此强大、校董威名如此显赫，为当时私立大学所罕见。

1929年，私立南通大学的经费总额为32300银元。

为让师生在课外能有更多的学习、研究、休息和游乐场所，张孝若校长还将张謇先生创办的图书馆、博物苑划归南通大学。私立南通大学一时声名鹊起，享誉全国。张謇先生的由小学到大学循序渐进的办学思想，至此已完整展现。

1930年11月，私立南通大学暂更名为私立南通学院，继而成为私立南通学院医科。

1932年，聘请意大利籍医学博士贝贡新（Bergonzlnl），担任细菌学、医化学教授。

张謇一贯重视教育，他在自订年谱中写到”自见乙未马关订约，不胜愤耻，即注意实业、教育二事”。他还说：“父实业，母教育”。张謇本着“实业救国，教育为本”的宗旨，于19世纪90年代创办一批工厂的同时，还兴办了师范、农业、纺织、水利、商科等三百七十多所大、中、小学。

张謇认为“医之发达与否，有关民族之强弱，人生所需不可无医”。1919年张謇在《为沟通中西医学致阎督军函》中说：“医但言理则空，药各有则实。必实而后空可证，必空而后实可神”。学校重视理论与实际相结合，教学人员既是教师又是医生，注重培养学生实际工作能力，毕业出来的学生动手能力较强。自1912年创办至1926年张謇逝世，南通医学专门学校毕业的西医本科生共168名，中、西医兼修本科生共37名。

张謇重才爱才惜才用才，先后有熊省之、沈尧阶、俞国钧、赵铸、李希贤、黄鸣鹄等留学生和国内医科大学毕业生愿意投身于西医教育事业，慕名到私立南通医学专门学校任教。与此同时，张謇还积极从自己的学校选派并资助优秀毕业生到国外学习深造，学习西方先进的科学技术和管理知识，学成后回母校工作。

在教师的选聘方面，张謇、张詧坚持五湖四海、唯才是聘的原则，用人不但打破了地方观念，甚至打破了国界。张謇和张詧不拘一格，广纳贤才，选聘优秀教师，主要采取了两种办法。

第一，是“采访本国散在各国大学毕业之学生，招致回国”，或“访已在各国学高等各科学者，助其学费，令入大学，分门学习，订立志愿书，学成归国，尽大学教员与助费年期相当之义务”。由于张謇重才爱才惜才用才，先后有熊省之、沈尧阶、俞国钧、赵铸、李希贤、黄鸣鹄等留学生和国内医科大学毕业生愿意投身于西医教育事业，慕名到私立南通医学专门学校任教。与此同时，张謇还积极从自己的学校选派并资助优秀毕业生到国外学习深造，学习西方先进的科学技术和管理知识，学成后回母校工作。

私立南通医学专门学校(私立南通大学医科)，不仅为社会培养了一批医务人才，而且为本校培养了一批师资。毕业生戴尚文毕业后曾担任过南通医院院长，后去日本留学，回国后又到母校担任教学工作；张念和、朱宏之、殷士豪等毕业后到日本留学，回国后到母校任教；瞿立衡毕业后，到德国留学，在柏林大学获得博士学位，回国后担任南通学院医科科长兼任教学、医疗工作；徐光明、黄思宪、张炎等毕业后，都曾在母校任教。这批本校毕业生中，择优选送出国的留学生，学成归国后都成为20年代末期学校教学、医疗、科研、管理的骨干。

第二，是聘用外国的专家学者。张謇主张“于用人一端，无论教育实业，不但打破地方观念，并且打破国家界限。人我之别，完全没有的，只要那个人能担任，无论中国人外国人都行”。1920年，私立南通医学专门学校聘德国外科专家夏德门博士，任南通医院总医长兼教授。1932年，聘请意大利籍医学博士贝贡新担任细菌学、医化学教授。

1937年下半年，因日本帝国主义扩大侵略战争，南通学院被迫停课。医科和附属医院人员设备全部被迁到扬州。

1938年2月，南通学院医科附属医院被国民政府军政部正式命名为第七重伤医院，投入到抗战第一线，先后救治了600多名从上海等地送来的重伤病员。之后，第七重伤医院辗转来到湖南衡阳。

1938年8月，农、纺两科迁沪复课，医科则随军移至湖南源陵，与江苏省立医政学院合并组建“国立江苏医学院”，南通学院医科由此中辍，1927年至1938年医科毕业生共237名。12月，江苏医学院迁到了贵州贵阳借当地校舍办学。

1939年，学校迁到了重庆的北碚，并成立了附属医院，由于重庆当时经常受到日本飞机的轰炸，学校组建了多支空袭救护队和流动医疗队，每次敌机一来，便上街救人。

1945年，抗日战争胜利，南通学院师生准备迁回南通，在南通学院本部成立了还校办事处，接管已满目疮痍的校舍校具。是年，国立江苏医学院准备整体迁至镇江，私立南通学院报告要求在原址恢复医科，当时的国民政府教育部随即批准了此报告，于是，远在重庆的国立江苏医学院部分（原南通学院医科）师生从重庆码头登船，一路顺流而下回到了南通。

医科的恢复等于重建，教师队伍系重新组织，仪器设备系重新添置，为了办好医科，南通学院当时的常务校董张敬礼（原医学专门学校首任校长张詧之子）特从大生纱厂拿出16亿法币，买下了国民党政府接管的日寇所办“江北医院”，作为医科附属医院，充实医科、重建南通学院医科附属医院。

1946年秋，在沪农、纺科一年级迁回南通复课。是年，国立江苏医学院其余部分迁至镇江。（1957年，江苏医学院由镇江迁至南京，并更名为南京医学院，南京医学院之后发展出南京医科大学、南京中医药大学、扬州大学医学院、江苏大学医学院）

1946年，私立南通学院（Nantung University）医科正式恢复，并招收新生。

1949年2月，南通解放后，医科招收五年制本科生。

1951年8月，南通学院医科受苏北人民行政公署卫生局委托，创办苏北第二医士护士学校。

1952年，全国高等学校院系调整，南通学院（Nantung University）农科、纺科分别迁往外地。南通学院医科于1952年11月7日改为公立，定名为苏北医学院。1952年秋，南通学院医科附办了一期三年制医疗专科班。同年，苏北第二医士护士学校更名为苏北医学院卫生学校。

1954年，苏北医学院卫生学校更名为江苏省南通医士护士学校。同年7月，南通医士护士学校医士专业迁入扬州医士学校，同时将扬州医士学校护士专业迁并南通。

1955年7月30日，苏北医学院（南通）的100余名师生和部分教学设备由南通迁到扬州，并入扬州医士学校（1984年7月16日更名为扬州医学院；1992年5月参与组建扬州大学，成为扬州大学医学院）。

1956年，因苏北区党委建制合并，苏北医学院又改名为南通医学院。

1957年7月，南通医学院被迁往苏州，改为“苏州医学院”，在南通留设“苏州医学院南通分部”，并保留附属医院。

1958年8月，苏州医学院南通分部又更名为南通医学院，隶属省管。

1978年9月，经国务院批准改为交通部和江苏省双重领导，以交通部为主。

1992年11月，南通医学院、苏州医学院相继举办八十年校庆，两校元老、教授互访致贺。南通医学院前院长顾尔钥曾为此赋诗为证：“夹岸弦歌源一家，育才除疾绩堪夸；春秋八十同声颂，江北江南姐妹花”。

1996年9月，日本德岛大学校长武田克之访问南通医学院时曾赋诗两首盛赞通医、苏医两校：“两校成挚友，真心慧眼求；互勉争贡献，医技千古秀”。“濠碧江泓，人情醇浓；我爱南通，两校互敬；友情丰美，一帆风顺，宾至如归”。

2000年，苏州医学院于并入苏州大学，成立苏州大学医学院（2008年，更名为苏州大学医学部）。

2004年，参与组建公立南通大学（Nantong University），成立了南通大学医学院，后分出护理学院、公共卫生学院、生命科学学院等。至今，通大医学院与苏大医学部仍然经常交流、共同成长。

瞿立衡（南通严家灶人，1918年考入私立南通医学专门学校，时年仅15岁，学了四年中医、四年西医，1925年在张謇的自助下远赴柏林大学继续深造，1930年获得医学博士学位，回国后担任过两任南通学院医科科长，总时长达10年）；

顾尔钥（1919-2000年，江苏南通人。1939年参加革命工作，同年加入中国共产党。1950年至1956年先后任私立南通学院、苏北医学院、南通医学院院长；1952年至1956年先后任南通学院、苏北医学院、南通医学院党委书记）等。