马察市的宝可梦传送系统出故障了，那里的乔伊小姐请秋叶原博士来修，但秋叶原博士却迟迟没有修好。为了帮助乔伊小姐，小智一行人前往秋叶原博士的研究所探访。迎接他们的是秋叶原博士的全息投影。博士通过投影告诉小智等人系统故障是火箭队搞的鬼，但是如果用杀毒程序进行维护的话，火箭队几个人也会被当成病毒被清理。博士希望小智等人把火箭队几个救出来。秋叶原博士让自己创造的宝可梦——多边兽带着小智一行人进入电脑世界，自己通过电脑指挥小智一行人。

最终，小智一行人带着火箭队三人组逃出了电脑世界，但是秋叶原博士的研究所连同里面的研究资料以及他刚刚完成的人类传送装置都因为爆炸而完全毁了。