1993年，35岁的扬·科西安以斯洛伐克国家队助教的身份开始教练生涯，此后又出任过德国球队科隆及法兰克福助教，以及德国第三、第四级联赛球队艾森、希根主教练。

扬·科西安17年的教练生涯，似乎并不光鲜。执教经历平平，而且大部分时间都在担任助教，甚至混迹于一些低级别联赛，他最引人注目的经历是在2006年至2008年担任斯洛伐克国家队主帅，但他率队打了17场比赛仅胜3场5和9负，因此尴尬下课，之后再于奥地利国家队任助教。

2011年上半年执教江苏队，5月下课，6月出任香港南华队主教练。

2011年5月5日，江苏舜天俱乐部宣布，科西安下课。中方教练组全面接受训练及比赛工作。他也是2011赛季中超下课的第一名主帅。