科尔沁湿地保护区总面积1368平方公里，其中核心区272平方公里、缓冲区423平方公里。科尔沁湿地自然保护区是以保护北科尔沁沙地草原、林地、河流、湖泊和沼泽型湿地等多样的生态系统及珍稀鸟类为主的综合性自然保护区，是地处科尔沁沙地北部的生态屏障。

保护区内的湿地面积大，类型多，总面积约47344公顷。湿地是地球的肾脏，是百鸟聚居的地方。保护区内共有鸟类175种，其中国家一级保护鸟类7种，分别是白鹳、黑鹳、丹顶鹤、白鹤、白头鹤、大鸨、金雕；国家二级保护鸟类29种。白鹳、丹顶鹤、白鹤、白枕鹤被列入世界濒危物种，白琵鹭、大鸨被列入世界受严重威胁的物种。鹤类和鹳类在保护区的物种资源中占有十分重要的地位。全世界现有鹤类15种，我国有9种，居世界之冠。保护区有鹤类6种，其中白头鹤、灰鹤属旅鸟，丹顶鹤、白枕鹤、蓑羽鹤在本地区繁殖，而且数量均很大。保护区境内还有种子植物452种。