1980年三个岛屿合建国家公园，并在1984年扩大到包括弗洛勒斯岛在内的周边海域。1991年获联合国教科文组织列入世界遗产名录。

1995年以来，国家公园管理局一直获美国的环保组织美国自然保育协会支持。2000年时，保护区管理局和美国大自然保护协会共同撰写一个关于增加海洋和陆地能源开发问题的新的管理计划。绝大多数资源的压力源于公园以外捕鱼业和商业企业所带来的问题。然而，资源使用的规定和限制主要针对保护区内的居民，一些没有更多的选择，为了生活而依赖于保护区内资源的人。提供当地居民维持生计的替代供应品是整体管理策略的组成部分，但保护区内还没有用适当的措施解决他们的需求。

科莫多国家公园还成为世界新七大自然奇观的28个入围地区之一。

总部设在瑞士的“世界新七大奇迹基金会”在2011年11月12日通过其官网公布了“世界新七大自然奇观”的初步评选结果，科莫多国家公园名列其中。

科莫多国家公园包括弗洛勒斯岛的西海岸、科莫多岛、林卡岛、帕达尔岛和26个其他较小的岛屿。这一地区有活火山，地形比较崎岖，以圆山为主要特点，最高海拔为735 m。这一地区的气候属于印度尼西亚较为干旱的地区之一，年降水量约800-1000mm。在旱季（5月至10月），每日平均气温约40℃。

科莫多国家公园四周环水、风景宜人，占地219，332公顷，由两个主要的大岛（科莫多岛和瑞音克岛）及附近无数的的小岛组成，科莫多公园内主要包括母贝勒林和那哥诺格森林保护区及呜勒·母贝若克自然保护区。它作为一个民族繁衍区、生物圈保护区及世界著名的科莫多蜥蜴保护区而在一九九一年被列为世界遗产保护条目。科莫多国家公园内的岛屿普遍都是悬崖峭壁，非常凶险，并且仅有很小的海湾及港口：比如，普勒尤-科莫多是一个多山的岛屿，它的最高峰海拔八百二十七米，其主要部分位于热带草原气候区，有着成片的棕榈树林和广阔的草地；其一小部分地区位于覆盖着落叶林的热带气候区，有两个小的红树林生物群落点缀在落叶林中；而另外一个主要的岛屿普勒尤·瑞因克岛主要由连绵起伏的山岭组成，其南部是海拔667米的都若山，而北部虽然都是低矮的山岭但却极其险峻。无数的珊瑚礁同样也是公园景色的一部分：和其他印度尼西亚地区不同的是，这里的珊瑚礁受炸药捕渔业的影响损坏相对的比较小，它们组成了水下美丽的风景线。

科莫多国家公园作为动植物的天堂，在沿海地区3个较大岛屿庇护下，还在海湾中生长着大片的红树林。这里补丁珊瑚礁分布广泛，生长最好的地区在科莫多东北和东部的沿海。主要生物包括鲸鲨、翻车鱼、蝠鲼、老鹰射线、侏儒海马、虚假尖嘴、蓝圈章鱼、海绵、被囊和珊瑚等。

生物保护区内炎热干燥的热带干湿季气候，为当地特有的科莫多龙提供了良好的栖息条件。为了保护生态，科莫多岛的人口控制在1,700人左右，林卡岛的人口控制在1,300人左右，Gili Motang岛和Gili Dasami岛的人口控制在100人左右，弗洛勒斯岛的人口控制在2,000人左右。 树林的密集地区只出现了约500米，但它们提供了几个流行菌群的栖息地。例如，沿海地区3个较大岛屿庇护的海湾有红树林。

补丁珊瑚礁的分布广泛，生长最好的地区在科莫多东北和东部的沿海。主要生物包括鲸鲨、翻车鱼、蝠鲼、老鹰射线、侏儒海马、虚假尖嘴、蓝圈章鱼、海绵、被囊和珊瑚等。

科莫多国家公园的主人之一科莫多蜥蜴，在普勒尤-科莫多岛上的观测点可以很轻松的捕捉倒它的踪迹，据估计，这个地方的蜥蜴数量不少于三千只。科莫多龙其祖先可追溯到1亿年以前，巨蜥类起源于4000到2500万年前，科莫多龙就是400万年前从巨蜥类发展而来。科莫多龙的寿命很长，约可以活50年左右。为保持其长寿，科莫多龙在5—7岁才能达到性成熟，15岁才能达到最高体重。科莫多龙雌雄二态，雄性的要比雌性的大出许多。据测，最大的科莫多龙可以达到3．13米长，而雌性的则一般不会超过2.5米。因科莫多龙可以一下子吞下为其体重80%的食物，所以它的体重是一个很高的变数。通常一只成熟的科莫多龙有70公斤左右。科莫多龙是食肉动物，就其捕食方式来说，它是机会主义，它会静静地守在一边，伪装得好好的，不露痕迹，等猎物来了出其不意猛扑上去，用齿状的牙齿咬住对方，猎物通常不会立即倒下去，除非它能咬断对方的脖子或动脉，猎物可能会逃跑，过后会死于败血症，这是因为科莫多龙以食腐肉为主，唾液里含有剧毒的细菌。科莫多龙的感觉器官可以使它们从10公里以外感觉腐肉的气息。开叉的舌头经常伸出口外，“感觉空气”，舌尖对味道异常灵敏。每年4、5月间雌雄进行交配，因雄性巨蜥是雌性巨晰的4倍，占优胜的巨蜥必须在交配前赶跑其他巨晰。卵需8—9个月的妊娠才能产下来，刚孵出的幼兽重约100克，长约40厘米，它们纷纷就近爬上树去，以防被大的蜥给吃掉。很多人想成为科莫多岛的朋友，致力于这座充满神奇的岛屿的保护工作，以求此地更适合未来科莫多龙的生存。

这些火山岛上生活着大约5,700只巨大的蜥蜴。它们的外观和好斗的行为使之被称作“科莫多龙”。除此没有其他地方发现它们的生存踪迹，这就引起了科学家们研究进化论的极大兴趣。这里，干旱的热带大草原上高低不平的山坡，小块多刺的绿色植物和沙滩上闪耀的白色浪花，珊瑚上涌动的蓝色海水形成了鲜明的对照。科莫多国家公园位于印度尼西亚东努沙登加拉省的西部。包括科莫多岛、巴达尔岛和林恰岛三座岛屿。科莫多岛面积900平方千米（900平方千米为《世界文化与自然遗产情景写真地图》一书数据，而《彩图版世界文化与自然遗产》一书却为“位于萨伯海峡中的科莫多岛面积为520平方千米”），从南到北贯穿着高度400～600米的山脉，以美丽的珊瑚礁著名。岛上地势起伏不平，丘陵遍布。巴尔达岛和林恰岛位于科莫多岛东面，面积较小。巴达尔岛为无人小岛，林恰岛以蜥蜴为象征。

科莫多巨型蜥蜴（Komodo Dngon），即科莫多龙（亦称“科摩多龙蜥”）。是世界上现存的最大的蜥蜴，体长3～4米，体重可达100千克。捕猎物时，先用尾巴将猎物击昏，然后用牙将猎物咬死。它能不用咀嚼而一口将猎物吞下，然后保持4个月不进食。公园有时将其作为-项表演节日而向游人开放。它们食量极大，可以一次吃掉相当于自身体重80%的食物，没消化掉的能量会长成尾部的脂肪。龙蜥天生是游泳健将，能长距离游泳，从一个岛屿游到另一个岛屿。它们的寿命一般是50年左右（《彩图版世界文化与自然遗产》一书数据为“40年”）。在捕猎时科摩多龙蜥用它们那强劲的尾巴闪电般击打猎物，这十分漂亮而威风的一击就能置猎物于死地。然后再用它们那冰冷的牙齿很快撕开猎物的躯干。它们喜欢先掏出猎物的内脏，再慢慢品尝它们的肉。科摩多龙蜥不会口喷烈焰，但它们的唾液中有四种系列的致命细菌，能使伤口很快感染，几天之内导致死亡。它们可怕的舌端呈细枝状，浅黄色，上面有斑点，在嘴里一伸一缩就像正在燃烧的火棒。舌根部有灵敏的嗅觉器官，居然能从11公里外感知蜷缩不动的猎物。它能捕食鹿、野牛和野猪，它的牙齿有毒，咬中猎物后，便会耐心地等待，直到猎物死了，才上去“大块吃肉”。

除了科莫多龙，眼镜猴也是这里的世界珍稀动物。眼镜猴，原猴亚目，眼镜猴科，体长如家鼠，最大的也不过二十余厘米，体重在100-150克左右。头大而圆，眼睛特大，脸盘向前，眶间隔薄。眼适于夜视，视网膜没有视锥。颈短，这是许多跳跃类群的特征。指、趾端都有圆盘状趾垫，除第二和第三趾有爪外，其余各指、趾均具扁甲。后肢长，胚骨和诽骨溶合，而附骨特长，因而有附猴之称。尾细长，尾端多毛。

眼镜猴是热带和亚热带茂密森林中的树栖动物，夜行性，主要以昆虫为食，用手捕捉，也吃果实。有高度适应树上跳跃的能力，能在树间十分准确的跳跃3米多远的距离，可以用四肢行走，靠后肢在地面上跳跃或奔跑，还能爬树，也能从树干下滑，圆盘状的指垫多少有吸盘的作用，利于攀缘。他们是猴类中的不合群者，多独栖，有时成对栖息。

为了保护这一世界自然遗产，印度尼西亚政府做了许多工作：帕达尔岛和林卡岛的一部分在1938年建立为自然保护区。科莫多岛在1965年对外宣布成为保护区，并在1977年时成为联合国教科文组织生物圈保护区。

1980年三个岛屿合建国家公园，并在1984年扩大到包括弗洛勒斯岛在内的周边海域。1991年获联合国教科文组织列入世界遗产名录。

1995年以来，国家公园管理局一直获美国的环保组织美国自然保育协会支持。2000年时，保护区管理局和美国大自然保护协会共同撰写一个关于增加海洋和陆地能源开发问题的新的管理计划。

保护区管理局发展生态旅游，通过门票和旅游牌照产生足够多的收入，使园区自筹资金，从而来支付业务及管理费用。为此，美国自然保育协会和旅游经营者与一家合资企业达成协议。这项宽减措施在产生时即遭到了长时间的争论。该合资企业被指控没有与他人讨论而自行行动：许多人在科莫多附近地区称，他们没有受到有关部门的征询意见，但最终的结果影响到了他们的正常生活。

然而，大多数争议源于几个渔民1980年代捕鱼途中死亡，死因至今未明。虽然公园巡逻员（包括当时的警察和海军人员）声称他们是在自卫，但渔业管理部门仍指责他们蓄意杀害了渔民。

为了让观光客们能够安全地一睹龙蜥的真容，有组织地为龙蜥喂食已实行多年，成为岛上的常规旅游项目--人们牵着羊步行去喂食区，由管理员用绳子拴住它，然后将羊杀死，放到河里去，一场凶狠嗜血的龙蜥大战夺食就在顷刻间爆发。但这种喂食是对大自然的逆反。龙蜥原本是独行兽，它们成群结队地在喂食区探头探脑地等待美食上门，或懒洋洋地躺在海滩上晒太阳。当管理者们发现龙蜥的行为习性正因此发生令人震惊的变化--它们的生存本能正在退化时，他们逐步停止了这种做法。印尼人和世界自然基金会担心龙蜥会失去它们天然生成的行为习性，更害怕它们会在“物竞天择”的自然规律面前被淘汰。有人曾认为科摩多龙蜥会像澳大利亚的鳄鱼一样泛滥成灾，科摩多岛的管理者痛心地对这种无稽之谈嗤之以鼻，因为龙蜥的数量已从原来估计的5000只降到大约3500只（请注意！1991年科莫多国家公园被列入世界遗产名录时，巨蜥的数量是5700只）（《彩图版世界文化与自然遗产》一书说“估计岛上现在只有数百只”）。龙蜥们在喂食台幸福地生活着，观光客们则从远远的铁栅栏后面给它们拍照。尽管人们责怪旅游业危及了龙蜥的生存，旅游业带来的收入对保护这种稀有动物却是非常必须的。但印尼当局称他们有信心，认为龙蜥将逐渐恢复它们的昔日之勇，但不知道他们采取了什么积极有效的措施，让我们拭目以待。

大约4,000名居民生活在保护区内。由于保护区内的海洋生物多样性丰富，水肺潜水是该地区的一个非常流行的运动。

这一带流行着一种说法：龙蜥很可能是中国文化中龙的原形。人们认为这很有道理。古代中国的水手、印度洋上的海盗和欧洲的探险者带回了很多很多关于这种丑陋可憎的爬行动物的故事，于是岛上有龙的传说便不胫而走。但必须要指出的是：中国的龙是吉祥和力量的象征，而科摩多龙蜥却是凶残的嗜血动物。真正将科摩多龙蜥公之于世的是现代旅游业。20世纪初叶，一架飞机在飞往北澳大利亚时，发动机出了故障，偶然降落到科摩多岛。那位荷兰的飞行员在科摩多岛上的这一片宜人的海滩上发现了那巨大的龙蜥正注视着自己。飞行员经历了他一生中最惊心动魄的时光。他一边精疲力竭地对付着他的发动机，同时又警觉地注意着这片陌生土地上的动静，一旦发现有它们出现，他就吓得长时间心惊肉跳地伏在机舱里一动不动。两天后，他终于使小小的双翼飞机离开了地面，而海滩上那些饥饿的龙蜥大失所望。1974年这里发生了一起骇人听闻的“龙吃人”事件，牺牲者是瑞土旅客冯·利丁·比布利格男爵，当时他正带领一个生物学小组在这里考察。那是个阳光耀眼的炎热中午，60多岁的男爵想要休息一下。在小山峰上的一片开阔平地上，他舒舒服服地坐了下来，告诉其他成员继续往前探查，回来时再与他会合。但当他们返回时，在这里只找到了这个不幸老人的相机和一只被撕得不成样子的血迹斑斑的鞋。不过谢天谢地，这次只有男爵一个人的名字写在科摩多龙蜥受害者的名单上。

科摩多龙蜥吸引了众多的关注，也引来了美国大名鼎鼎的狩猎家伯尔登。伯尔登1926年来到这里，但当时的统治者--比马的苏丹已下了一道保护令，所以伯尔登没有猎获它们。但与他同来的电影摄影师威力斯·欧伯伦却摄下了不少精美的镜头：岛上唯一的村庄是比马的苏丹下令设立的罪犯流放地。科摩多小山上险峻的悬崖，岛上极为丰富的野生动物资源，她超凡脱俗的自然美景，隐藏在湖光山色中的危险和巨型猛兽的幽影，这一切都给欧伯伦留下了不可磨灭的神奇印象。欧伯伦用这次摄下的材料，在1931年制作了影片《KING KONG》，该片后来被奉为经典之作。龙蜥全部生活在科摩多岛及其附近的另外两个小岛上，这是一个很小的区域。有数据说龙蜥的雌雄之比为1：4，也有说是1：5的。龙蜥虽然凶猛，种群的生存能力却很脆弱，据说龙蜥有吃幼蜥的习惯，成年蜥（包括幼蜥的亲生母亲）遇见幼蜥就会一口吞掉它。所以幼蜥一孵化出来就拼命爬上树梢去躲避，等一岁以后，有了自卫能力才敢返回地面。因此龙蜥成为受到印尼法律严格保护的动物，印尼政府将这个区域设置为科摩多国家公园。今天的科摩多岛仍保有它的“黑色魔光”。村庄仍在，凶相毕露地高踞于小山之上，似乎在与巨蜥对峙。村中居民的打斗遗迹犹在，龙蜥们的神威却日渐消退，已离人们昔日所见的威风凛凛的食肉猛兽相去甚远了。人们把这种现象归罪于日益繁荣的旅游业。