国家博物馆收藏了成千上万的文物，横跨人类在秘鲁的整个居住历史，包括令人印象深刻的古莫切文化、纳斯卡和瓦里陶瓷藏品。馆内还藏有许多著名的古代安第斯文物复制品，最引人注目的是来自查文德万塔尔遗迹的古神雕像（Lanzón）；西潘王墓室复制品；和著名的反抗起义壁画 。

常设展览部分主要通过模型、地图、图片、照片，出土实物，以及相应的文字说明，向观众展示西班牙人到来之前，即前印加时代和印加时代的秘鲁文明史，包括人文、农业和其他方面经济发展情况。