1992年，秦志戬在全国少年锦标赛上夺得男单铜牌；同年10月，在广东省中山市举行的全国锦标赛上，他与河南籍国手李宏合作，在混双半决赛中淘汰了夺魁呼声极高的马文革/乔云萍，虽然最终不敌邓亚萍/林志刚，屈居亚军，但也让观众眼前一亮。

1993年，秦志戬入选国家一队，与孔令辉、刘国梁一起被列为中国国家男子乒乓球队的8名重点选手。

1994年作为重点培养对象的秦志戬跟随中国国家男子乒乓球队访欧第一次访欧，但在种子选手不参加的预赛中惨遭淘汰。回国之后，收获了北京公开赛男团冠军，“三城会”男团和混双冠军，全国锦标赛男双季军，芬兰公开赛男团冠军，奥地利公开赛男双亚军，瑞典公开赛男团亚军。

1996年2月，在杭州举行的中国明星公开赛男单比赛中，秦志戬淘汰了天津世乒赛后声名鹊起的丁松和刘国梁，获得男单季军；同年9月，在嘉定举行的全国锦标赛上，秦志戬又与省队队友合作，先获男团季军，后夺男单亚军、混双亚军。年末，又获得了芬兰公开赛男双冠军。

1997年，秦志戬首次夺得“八运会”混双冠军（与杨影）。由于双打成绩突出，使秦志戬受到总教练蔡振华的青睐，让他与更年轻气盛的马琳配双打。

1998年-1999年中，秦志戬和马琳先后获得黎巴嫩、南斯拉夫、瑞典、日本等站公开赛和全国锦标赛的男双冠军。

1998年，国际乒联职业巡回赛总决赛上，秦志戬/马琳击败瓦尔德内尔/佩尔森、孔令辉/刘国梁等世界高手组合，获得男双亚军。秦志戬因此于1998年获得运动健将称号。

2001年，大阪世乒赛前，秦志戬/杨影被列为队中出征第46届大阪世乒赛的7对混双选手之一。在比赛中，他和杨影顶住中国队混双一号种子马琳/张莹莹和二号种子王励勤/王楠提前出局的压力，先后在8进4时以3:2淘汰闫森/李菊，4进2时以3:1淘汰詹健/白杨杀进决赛。同年，在广东九运会中，秦志戬在半决赛以3:1把王励勤打掉获得混双冠军。

2002年，秦志戬在中国公开赛中获得男单亚军，波兰、丹麦公开赛获得男双冠军。2002-2003赛季，代表广东全球通俱乐部参加乒超联赛，获得冠军。

2003年5月24日，秦志戬在第47届世乒赛进行了男双决赛，秦志戬/马琳组合在男双比赛中进入了四强，但是最终输给了王励勤/阎森组合，因此获得了四等奖。

2003-2004赛季，代表山东鲁能俱乐部参加乒超联赛，获得亚军。

2005年，秦志戬代表江苏队参加了江苏十运会，获得男团冠军与混双冠军。

2005年11月，秦志戬正式退役成为一名实习教练。

2006年1月1日，马龙成为秦志戬的主管队员；同年，许昕成为秦志戬的主管队员。

2008年北京奥运会后，王励勤成为秦志戬的主管队员。

2017年4月，秦志戬出任中国乒乓球队男队主教练；4月16日，在乒乓球亚锦赛中，男队主教练秦志戬带队获得首个冠军；5月以第一次作为主教练身份带领队员参加世乒赛。

2018年12月，秦志戬出任中国乒协秘书长。

2019年，秦志戬带领中国国家男子乒乓球队亚乒赛团体在亚洲乒乓球锦标赛夺冠；同年4月18日，带领中国国家男子乒乓球队进行了抵达世乒赛举办地布达佩斯后的首堂训练课。

2021年7月14日，2020年东京奥运会中国体育代表团名单公布，秦志戬担任乒乓球项目教练。

2022年10月，秦志戬带领队员参加成都的第56届世界乒乓球团体锦标赛，中国男队在决赛中以3比0战胜德国队，实现十连冠的同时，第22次捧起斯韦思林杯。

2023年4月6日，秦志戬当选中国乒乓球协会第十届副主席。

2024年7月13日，2024年巴黎奥运会中国体育代表团名单公布，秦志戬担任乒乓球项目教练；9月，被北京市委、市政府授予记功奖励。

2006年5月，秦志戬结婚。2010年10月12日，儿子出生。

2015年9月25日，中国国家乒乓球队教练组秦志戬、刘国正、乔晓卫等一行十余人到八叉巷小学为小学员们现场授课，进行技术和体能指导。

秦志戬是一个实干的教练，情商非常高。（国际乒乓球联合会第一副主席、中国乒乓球协会第十届主席刘国梁评）

秦志戬是队里的老将，他总能在关键时刻拿分，给年轻人信心，他的经验是江苏队的财富。秦志戬浑身是伤，团体赛一场一场拼下来太不容易了。（时任中国乒乓球队男队教练陈玘评）

无故退赛

2017年6月23日，在国际乒联中国公开赛上，原中国乒乓球男队主教练秦志戬无故缺席。6月24日，秦志戬在微博就此事发布道歉信。