光绪十二年（1886）进士，官工部主事，不久充会典馆绘图处《地理钧稽图志》总纂，后晋秩郎中、外务部传补御史。光绪二十九年（1903）再中经济科进士，后任云南曲靖知府、云南按察使、云南提法使，又调任广东提学使。辛亥革命起，秦树生避居上海。民国元年（1912），国民政府拟任其为河南省提学使，秦树生不应，移居北京，清史馆聘为《地理志》总纂，直到成书。家乡有关其逸闻颇多，唯有他在全国最先引进两部印刷机，最值得一提，一部交商务印书馆，另一部则赠送家乡固始。