嗜藏书，曾说“得一万户侯不如得万卷书”。遂建有“万卷楼”作为藏书之所。家藏抄本有朱元璋《大明太祖高皇帝御制周颠仙人传》、刘辰《国初事迹》、题汉班固《汉武故事》等。藏书印有“次山”、“秦子思宋”、“少保秦端敏公仲子”、“锡山秦汴”等。刊刻图书场所有“绣石书堂”，一生刊刻图书颇多，著名的有，于嘉靖十五年（1536）刻有《锦绣万花谷》4集150卷，是根据宋本《锦绣万花谷》校华氏“会通馆”活字本重新刊刻而成。另如宋吴淑的《事类赋注》30卷、宋谢维新《古今合璧事类备要》206卷，宋虞载别集160卷，唐皇甫枚《三水小牍》、《类书辑》等。所刻之书，以校勘精良、刻印工整著名，世称秦刻。著有《三才通考》、《怀李斋集》、《浙东海边图》等。弟秦柄、秦柱，均有藏书。