2023年10月，获得“新基石研究员项目”资助。

程建军致力于高分子化学、多肽、生物纳米材料和纳米药物、小分子和基因药物递送、癌症靶向技术等领域的研究，尝试用化学的方法解决生物材料方面的问题。程建军和其课题组利用癌细胞自身的代谢系统，研发出一种通过小分子标记和靶向癌症的新方法。当某种特定设计的小分子“糖”进入身体，被癌细胞选择性地代谢，小分子“糖”把隐藏在癌细胞内、无法靶向的靶点通过“糖”内涵的靶标表达在癌细胞表面使其能够被精准靶向，从而实现癌症精准治疗。程建军及其课题组的主要研究方向是生物材料，尤其是高分子材料，致力于解决两大问题：第一是如何设计出有效的基因药物递送体系，从而使基因药物用于疾病治疗变得可能；第二是如何去突破多肽化学材料合成上的局限性，从而使广泛地开发和使用多肽类的材料变为可能。

据2023年11月西湖大学网站数据，程建军已发表文章200余篇。

据2023年11月西湖大学网站数据，程建军已获得美国或国际专利40余项。

截至2016年6月，程建军已承担来自美国国家科学基金会（NSF）、美国国立卫生研究院（NIH）、美国能源部和其它机构的科研项目30余项。

截至2016年6月，程建军已主持10余个国际学术专业会议，在哈佛大学、麻省理工学院、宾夕法尼亚大学、西北大学、加利福尼亚大学、帝国理工学院、北京大学、清华大学等150余所大学或国际学术会议上做过受邀报告。

对于“什么样的人是优秀的人”时，程建军说他最看重两种特质：一是有具体的目标和强烈社会责任感，在实现自我价值的同时，也能实现特定的社会价值；二是具备锲而不舍、永不言弃的精神，在学术上和工作中追求精益求精。

程建军在西湖大学用英语为博士生们讲授“生物偶联技术”等课程。

截至2016年6月，程建军指导培养的大部分博士毕业生进入美国学府，如哈佛大学、麻省理工学院、斯坦福大学等做博士后研究；其指导的两位博士毕业生分别获得过2011年和2013年美国化学会阿克苏诺贝尔优秀博士毕业生奖；其指导学生和博士后有10余人在美国、欧洲及中国学府任教，包括弗吉尼亚理工大学、洛桑联邦理工学院、北京大学等。

“生活中从简而行，工作中精益求精。他（程建军），追随着无数比自己更优秀的前辈，期待着培养出一批批奔涌着的、更优秀的后浪。”（中国致公党杭州市委员会评）

“程建军是生物材料领域的国际知名学者。”（西湖大学评）