程杏轩治学态度严谨，寝馈数十年然后成书，尚实用而少空谈，敢于怀疑，在理论上时时有突破，著有《医述》、《杏轩医案》等书，其中《杏轩医案》为其一生临床经验之总结，也是他学术观点的集中体现，它的学术价值较为突出，素来为中医界推崇。自清嘉庆十年初刊后曾几经再版，影响颇大，近年来随着新安医学的蓬勃发展，该书为不少学者所研究，全书分初集、续录、辑录3集，其中初集、续集为他本人所写，辑录为其弟子所著。载案192例，其中不少病案中还夹有类案，实际载案数226例。病案涉及内、外、妇、儿各科病证。书中病案追溯时间最长者可达20年，编排不分类别，是将临证中应手之案择善而录汇编成册。其中有许多危重症医案，如脱证、大出血、伤暑昏厥、小儿惊证、麻闭、子痫等，其医案的特点是记录真实完整，所载医案均边叙边议，不仅介绍验案，失治、误治案例也多收载，并注意追访治案，探奥求真，因而有着重要的研读价值。全书不分门类辑录作者历年所治疑难病证验案，于病证、病理记述颇详，审症亦较细致。对于真假寒热、实证类虚、阴极似阳等复杂病证的辨析，颇能掌握要领。在治法上亦能汲取诸家之长而有所发挥，立方遣药能随证灵活化裁，文笔生动，引人入胜。