具体操作方法是：销货方利用该系统（通过计算机）开具专用发票，一方面系统将根据开票的金额、税额、购销双方税务登记号等信息形成一套密码并打印在专用发票的左上角，另一方面系统将开票请宽记录到黑匣子中以便税务机关掌握企业税源；对于企业取得的专用发票抵扣联，税务机关将通过防伪税控系统检验其密码与票面内容是否符合，然后判断其是否真实。

为了加强增值税专用发票的使用管理和控制增值税税源，1994年下半年，国家税务总局在辽宁省鞍山市、江苏省镇江市、广东省珠海市选择部分企业进行专用发票增值税防伪税控系统的试点，全国取消百万元版、千万元版专用发票，凡一次开票销售额达到百万元以上的，均纳入增值税专用发票防伪税控系统，利用该系统开具电脑专用发票。通过该系统开具的专用发票具有两个特征：一是在专用发票的左上角打印60位电子密码，同时在右上角打印该份专用发票号码，与专用发票原有号码相同；二是企业如发生退货或销售折让，需开具红字专用发票的，改为开具负数专用发票：在专用发票