在织田信长于森部合战胜利后，持续进军墨俣，为保全领地，斋藤龙兴亲自出阵，领兵到十四条、轻海与织田军交战，斋藤龙兴先是趁着大雨后河川泛滥的时刻强行军渡河攻破织田方的十九条城，斋藤家臣野野村正成讨取城主织田广良，随后在轻海与南下驰援十九条城的织田军交战，斋藤龙兴以真木村牛介为先锋夜袭织田军，使织田军一度败退，但织田信长收拢败军后迅速展开反击，池田恒兴和佐佐成政击杀斋藤家臣斋藤又右卫门，在混战中织田军逐渐占上风，斋藤龙兴败回稻叶山城，而织田信长也在巩固取下的墨俣城的战果后收兵回尾张。

新加纳合战

1563年，织田信长为攻略美浓将根据地迁移到北尾张的小牧山城，且在当年发兵攻打美浓，但在新加纳迎战来援的斋藤军时，落入斋藤家臣竹中半兵卫的计策，被斋藤军埋伏击破（此战真像不明）。

竹中叛变

1564年2月，斋藤家臣竹中重治（半兵卫）因不满当主斋藤龙兴，联合岳父安藤守就，以在城中担任人质的弟弟竹中重矩为内应，用探病为理由率17人进城后，趁夜造反夺下稻叶山城，斋藤龙兴逃往鹈饲山城、佑向山城。事后，织田信长曾引诱竹中重治投降，被拒。半年后竹中重治弃城离开，投往北近江浅井氏，斋藤龙兴在美浓的权威遭到严重动摇。

宇留摩、猿喰城合战

1565年7月，织田信长发兵东美浓，袭击和小牧山城仅有一河之隔的宇留摩城（又称鹈沼城）和猿喰城，在两城约十至十五町外的伊木山上建城，以压迫两城。而在织田家臣羽柴秀吉的游说下，有着「鹈沼之虎」勇名的宇留摩城主大泽次郎左卫门，投降织田家，猿喰城因为建在木曾川沿岸的高山上，地势易守难攻，织田家臣丹羽长秀受命攻城，反过来利用城池地利切断城内用水，使城主多治见修理力尽开城。位于猿喰城北边三里的加治田城主佐藤忠能父子旋即在当年八月接受羽柴秀吉的劝说投降织田家，米田城主肥田忠政亦同时投降织田家。

堂洞城合战

1565年9月，在织田军连续拿下三座城池后，斋藤龙兴也力图反攻，派遣岸勘解由左卫门驻扎于堂洞城和败出猿喰城的多治见修理会合，并指示长井道利挥军攻打加治田城。织田信长抢先率领援军迎击斋藤军的军队，在28日抢先攻击堂洞城，用松明（类似火把的照明工具）投入城中，火烧二本丸。并在黄昏之际，河尻秀隆顺利突入本丸，丹羽长秀的部队随之发起突袭，在入夜后将城池攻下。

关城合战

1565年9月29日，听闻堂洞城失陷的斋藤龙兴领军出动，和长井道利在关城合流，人数达到3000，全力突袭正在进行首级检视的织田信长。同时，织田信长由于让手下各自带领兵马分散固守新占领的美浓城池，人数仅剩7、800人，因此面对人数占优的斋藤军，织田信长选择全力突围，认败后撤。但随后在投降织田家的龙兴叔父斋藤长龙的奋战下，织田军有紧接着占领了关城。

河野岛合战

1566年4月，足利义昭出面调停，织田信长和斋藤龙兴和睦，但织田信长很快便打破和议，于8月出兵美浓国各务野，两次在木曾川形成一进一退的僵持局面，最后因大雨导致河水暴涨，织田军惨被没顶，斋藤军趁机攻打获得胜利。但松仓城的坪内利定却判出了斋藤家，投向织田信长。

稻叶山城合战

1567年8月，织田信长在成功策反西美浓三人众（稻叶一铁、氏家卜全、安藤守就）后，一鼓作气发兵稻叶山城，在城池南方的龙瑞寺城布阵，调派手下兵马入城下町放火，烧去部分斋藤家的防御设施，最后联合西美浓三人众把稻叶山城重重围困，斋藤龙兴不敌开城，被信长放逐到伊势长岛。

织田信长攻下稻叶山城后，其他美浓大小豪族与家臣如不破光治、金森长近、远藤庆隆、 武井夕庵、野野村正成、蜂屋赖隆、西尾光教等相继投靠织田家，使信长完全占领美浓国，并由泽彦和尚重新取名，以古代中国周文王发于岐山的典故，把城名改为「岐阜」，作为织田家新的本据沿用到1576年安土城竣工时。

斋藤龙兴被织田信长放逐后，辗转流亡于伊势长岛、近畿三好家、越前朝仓家，积极出力于打倒织田家，曾参与本国寺之变、野田城·福岛城合战，最后在刀祢坂合战阵亡，终其一生也未能恢复斋藤家领地。