他是穆罕默德四世的儿子，于1703年在他哥哥艾哈迈德三世支持下宣布退位。

穆斯塔法二世企图阻止奥地利军队进入奥斯曼帝国并于1697年亲自重新征服匈牙利。他在森塔战役(Battle of Zenta)中完全被萨伏依的欧根亲王打败而从这事件中，穆斯塔法二世开始与奥地利展开和谈。在1699年Karlowitz条约中，穆斯塔法二世割让了匈牙利和特兰西瓦尼亚予奥地利，割让摩里亚采邑予威尼斯共和国并从波兰的波多利亚撤军。而在他在位期间，彼得大帝由土耳其人手中夺取了亚速海的黑海要塞(1697年)。

在他统治的后期，穆斯塔法二世企图恢复苏丹权力，当十七世纪中期穆罕默德四世交予行政权力予大维齐尔时开始，苏丹的权力就只是象征性质。穆斯塔法二世的策略是建立非正规骑兵的地位，建立一个可选择的权力基础，而奥斯曼骑兵是世袭的，所以会忠于苏丹。但非正规骑兵增加了奥斯曼军事机械化过时的部分。