1927年11月11日,苏丹穆莱·优素福逝世。他的第三个儿子穆罕默德于11月18日被推举为苏丹，时年不满18岁。 摩洛哥沦为保护国后，领土被肢解为三部分:法属保护区、西(班牙)属保护区和国际共管区(丹吉尔)。在法属区，并存着代表殖民当局的总督府和摩洛哥传统政府马赫曾。然而，后者形同虚设。苏丹虽在名义上是摩洛哥的最高统治者，实际上一切内政、外交大权都掌握在法国总督和西班牙高级专员之手。在马赫曾内部，年轻的苏丹毫无权威，被首相毛里克和几名弄臣把持着朝纲。后来,随着穆罕默德年龄的增长，他利用马拉卡什地区封建主的势力削弱了首相权力，才加强了自己的地位。

法国殖民当局为了削弱摩洛哥人民的力量,在阿拉伯人和柏柏尔人之间制造不和。这两个民族分别占摩洛哥人口的60%和40%。1930年5月16日，殖民当局强行颁布所谓的柏柏尔敕令，决定在柏柏尔人部落中恢复习惯法和习惯法庭，把原已归卡迪(伊斯兰法官)的司法权又交给部落酋长。它剥夺了苏丹的司法机关对柏柏尔族的权力，使后者实际上从属于法国占领当局。穆罕默德虽曾指出该敕令有损于摩洛哥政治和宗教的统一，但在殖民当局的压力下最后还是签了字。

法国的这个分裂摩洛哥民族的行动，引起了摩洛哥人民的强烈反对。在信奉伊斯兰教的摩洛哥，苏丹往往被看成国家统一和民族利益的体现者。非斯、拉巴特等城市发生了大规模群众示威游行，提出恢复苏丹统治下的国家统一的口号，并成立了捍卫阿拉伯语、伊斯兰教和摩洛哥实体委员会。1931年，斗争扩展到其他城市。非斯市政会议组织了请愿团,要求废除与柏柏尔敕令有关的法令，统一国家的立法和行政制度。在这次斗争中，摩洛哥民族资产阶级和知识分子起了很大作用。穆罕默德也感到了人民群众的力量。

1934年2月,法国政府单方面决定摩洛哥事务归法国殖民部管辖。显然,这是违背保护国条约的，因为根据该条约，摩洛哥是法国的保护国而不是殖民地，它拥有自己的国王和政府，与法国外交部发生关系。由于穆罕默德的反对，法国政府不得不撤销了这一决定。

1934年,摩洛哥第一个资产阶级民族主义政党——摩洛哥行动委员会成立。这标志着摩洛哥民族主义运动进入了一个新阶段，在此之前,摩洛哥人民的反殖斗争，主要是封建宗法上层分子领导的农民运动，斗争中心在农村；在这之后则是新兴的民族资产阶级走上了政治舞台,斗争集中在大城市。摩洛哥行动委员会第一次提出民族主义纲领——改革方案,要求消除法国直接统治的现象，切实贯彻保护制条约，建立君主立宪制，让摩洛哥人参政,建立民族会议等。穆罕默德对行动委员会及其改革方案表示赞同和支持，并开始同民族主义者建立联系。但是,穆罕默德此时只是不满殖民统治的方式，并未要求废除保护制度。直到第二次世界大战开始后,他才逐渐走上了反对殖民制度，争取民族解放的道路。

1942年11月,美、英军队在卡萨布兰卡登陆。穆罕默德支持盟军行动并拒绝亲维希政府的总督要他到法国去的要求。翌年1月22日，他在安法会见了富兰克林·罗斯福总统。罗斯福许诺，在战胜德国法西斯后，根据大西洋宪章，摩洛哥将会得到独立、并得到美国的援助。

由于战争期间宗主国放松了对殖民地的控制和殖民地人民进一步觉醒，摩洛哥民族解放运动开始高涨，其重要标志就是1943年后摩洛哥共产党、独立党等政党相继成立，并提出了独立要求。1944年1月11日,一份由58人签名的宪章中提出了以下一些要求：摩洛哥完全独立和领土统一；确认君主立宪制为国家政体；国王和人民通力合作，为解放祖国和实行改革而斗争。签名者包括8名工商业者、5名地主和农民、6名马赫曾官员、4名法官、7名自由职业者、10名伊斯兰贤哲、18名教育工作者。穆罕默德非常支持这些要求，立即成立一个委员会着手研究这些要求，并指派专人与独立党联系。

1945年7月，穆罕默德在巴黎会见了夏尔·戴高乐将军。会见中，他对戴高乐说“我认为昔日的摩洛哥过渡到现代的、自由的摩洛哥的时刻已经来到了。”戴高乐答应重新考虑今后的法摩两国关系。 1947年6月法国总督许温提出“联合自主”方案，组织法、摩部长、大臣联席会议;将原来分设的法、摩咨政会议合二而一；摩洛哥议员由选举产生。1949年11月18日法国将军阿尔方斯·朱安讲话中用“共同主权”一词说明法摩关系，遭到苏丹的反对。 1947年4月,穆罕默德以国王身份访问了丹吉尔和西属保护区，发表了重要讲话,以表明摩洛哥是不可分割的主权国家，苏丹是这个国家唯一合法的代表。他拒绝殖民当局所谓“联合自主”的方案，反对“共同主权”论，向总督明确表示他所要求的是“人民的自由和国家的独立”，只有结束保护制才能使摩洛哥和法国之间的关系有一个更坚实更神圣的基础，才能在摩洛哥建立一个受到人民信任并能满足人民合法要求的自由政府。

为了以新的法摩关系代替旧的保护制，穆罕默德于1950年10月亲自赴法谈判，但没有成功。1952年3月，他又向总督递交了一份备忘录，再次要求重新确定“足以保证摩洛哥主权和法国合作利益”的新的法摩关系，并建议给予公众和个人的自由,特别是工会自由。

但是,摩洛哥人民争取民族解放的斗争遭到了殖民当局的残酷镇压。1952年2、3月间拉巴特、卡萨布兰卡等地爆发大规模群众示威，要求立即实现独立和自由，被杀害者达1,000多人，被捕者达35,000多人,殖民当局的暴行激起人民群众的强烈反抗；也使苏丹认识到依靠宗主国或其他大国是不可能取得独立的，从而更加坚定地站到人民群众一边，成为团结全国各种政治力量和争取独立解放运动的象征。

法国殖民当局在残酷镇压群众运动的同时,积极策划废黜苏丹。原因是他不但不放弃对独立党的支持，并且拒绝在法国1953年提出的“欺骗性”改革草案上签名。1953年8月中,在帝国主义策动之下，反动的大封建主格拉维纠集一些亲法的封建主和宗教人士,在马拉卡什举行会议，宣布剥夺穆罕默德的权力，另立穆罕默德·本·阿拉法为苏丹，并组织地方武装向拉巴特进发。20日，总督派重兵包围王宫，向苏丹发出最后通牒：如果苏丹同意自动退位，可到法国自由生活；如果拒绝,就要被废黜和放逐。穆罕默德五世面对威胁，义正词严地指出：我是合法的摩洛哥苏丹，我永远不会背叛信任我忠于我的人民，永远不会背离我的使命。于是，苏丹和两个王子被押上了法国军用飞机。他们先被放逐到科西嘉岛,后又被转到马达加斯加。

在两年多的流放生活中，穆罕默德五世无时无刻不在想念自己的祖国和亲人。为了祖国的独立和民族的尊严，他再次拒绝法国政府要他自动退位的要求，表示宁可舍弃自己的财产和亲人，客死他乡，也决不去巴黎靠法国提供的年金苟且偷生。 法国以武力废黜一个阿拉伯国家的合法君主，不仅激起了摩洛哥各阶层人民的强烈反对，而且受到世界舆论、特别是阿拉伯国家和法国进步人士的谴责。在摩洛哥国内，一个以要求苏丹复位为主要内容的政治斗争浪潮波及摩洛哥全国。从1953年8月起的一年时间内，全国共发生了335起武装袭击事件，出现6起破坏铁路和390起纵火事件。1955年,摩洛哥已出现一支武装的反法游击队在山区作战。 在国际上，1954年11月,阿尔及利亚人民点燃了武装起义的烈火。1955年4月召开的亚非万隆会议强烈要求给予摩洛哥等马格里布国家以自决权利和独立权利。这些斗争有力地支援了摩洛哥人民。

在这种形势下,法国政府不得不作出让步。1955年8月，法国政府与摩洛哥代表在法国的埃克斯累班举行谈判。结果就废黜傀儡苏丹阿拉法达成协议。在这种形势下，法国政府不得不作出让步。同年11月5日，穆罕默德回到摩洛哥复位。第二天,摩洛哥与法国发表联合声明,宣称将由苏丹组织政府，这个政府将“促使摩洛哥成为独立的国家”。 穆罕默德政府于1956年2月开始与法国政府举行谈判。3月2日双方达成协议,签署了摩洛哥独立宣言，结束了长达44年之久的保护制,获得了独立。4月7日，西班牙政府宣布承认摩洛哥独立。 从独立到穆罕默德逝世只有短短的6年时间。在这个时期制定的一些施政方针和各项政策仍为摩洛哥政府所遵循。

在政治方面,穆罕默德进行了“宪政改革”。1956年11月，在他主持下成立了由政党、工会和群众团体的代表组成的咨询议会，其成员由他指定。1957年,改国号为摩洛哥王国，苏丹改称国王，称穆罕默德五世；正式确定哈桑为王储，建立由国王直接负责的内阁。11月,颁布了皇家宪章，决定给予人民以集会、结社和言论自由的权利，但禁止共产党活动。他还开始着手准备摩洛哥宪法。

在军事方面,重建了王国军队。1912年后摩洛哥正规军被解散,军官、士兵都到法军或西班牙军队中服役。独立后,穆罕默德五世决定组建王国军队和军官学校，任命其子为总司令。1956年,建立王家武装部队。翌年又建立了空军。

在经济方面,实行保护民族工业、限制外国资本的经济政策，制定了经济发展的二年计划(1958——1959)和五年计划(1960——1964)。为了建立独立的民族经济,摩洛哥政府首先没收了原法国资本控制的摩洛哥国家银行，建立了由国家支配的各专业银行。对石油、磷等矿产资源由国家控制开采；对茶制品等实行国家专卖。国家鼓励手工业生产。虽然独立初期,摩洛哥经济发展遇到很多困难，但仍有一定的发展，兴建了很多工厂,包括炼油厂、纺织厂、卡车装配厂,拖拉机厂等。 在农村，摩洛哥从1957年开始实行“耕作运动”,每年由国家资助耕种30万公顷土地。

穆罕默德五世重视文教事业的发展。独立后,政府决定在全国范围内开展扫盲运动,穆罕默德五世亲任扫盲协会的会长。除普遍建立中、小学外,很快建起了一些中等专业学校,并在拉巴特建起一所国立大学。政府规定阿拉伯语为国语,学校要逐步过渡到用阿拉伯语教授主要课程,并建立了阿拉伯化研究所。

在外交方面,穆罕默德五世奉行独立自主和不结盟政策、支持阿尔及利亚等非洲国家争取独立的斗争,赞成非洲统一。1959年11月1日,摩洛哥政府正式同中华人民共和国建交。 1961年1月,穆罕默德五世病逝,享年52岁。他被摩洛哥人民称为“独立之父”。