2008年2月26日，当选为阿拉法特基金会主席。

2009年11月7日，国务院总理温家宝在开罗阿拉伯国家联盟总部会见了阿盟秘书长穆萨。温家宝赞赏穆萨积极促进阿盟同中国友好关系发展。温家宝说，阿拉伯国家是世界上一支重要力量。中国和阿拉伯国家同属发展中国家。在当前国际政治、经济格局深刻调整和变化的背景下，中阿加强合作，符合双方共同利益，也有利于世界的和平、稳定与发展。中方愿与阿盟和阿拉伯各国共同努力，把“中阿合作论坛”打造得更加坚实和富有成效，进一步充实双方伙伴关系内涵，推动中阿友好合作关系深入发展。 穆萨说，温家宝总理访问阿盟总部并发表重要演讲，充分体现了中国政府和人民对阿盟和阿拉伯国家的高度重视和友好感情。阿盟和阿拉伯国家感谢中国一贯坚持阿拉伯人民的正义事业，同样坚定支持中国维护国家统一和领土完整。阿方希望在新形势下，推进“阿中合作论坛”，加强双方全方位合作，共同致力于维护世界和地区的和平、稳定与发展。

2021年1月2日，埃及媒体《第七日》网站当地时间消息，埃及前外交部长、前阿盟秘书长阿姆鲁·穆萨已确诊感染新冠病毒，正在家中隔离并接受治疗。

总部在迪拜的阿拉伯电视台2011年02月12日报道说，已担任了10年阿拉伯联盟秘书长职务的埃及人穆萨11日在阿盟总部开罗对记者发表谈话说，埃及发生了巨大变化，总统穆巴拉克辞去了总统职务，“我本人对埃及发生的这一巨大变化表示欢迎。”其指出，“目前埃及正处于关键时期，我们应该向前看，每个埃及人都应该和自己的同胞携手为国家服务，建设一个和谐社会出力。”其特别指出，“我已决定辞去目前担任的阿盟秘书长职务，将在未来几周内正式离开。”在回答记者关于“你是否要竞选埃及总统”的提问时，穆萨没有正面回答，只是说，“我只是想为自己的国家服务。”