约克军队在抵达圣奥尔本斯后，就着手开始准备防御。10000人的部队，大部分捏在沃里克自己手里，并在圣阿尔班斯的北面建立了主防御阵地。在罗马时代就使用的南北走向住干道——沃特大道两侧，他们挖掘了壕沟、布置拒马和构筑车堡。不仅架上了火炮，更从伦敦带来了不少单兵用的手炮来，以便尽可能的减少人数差距给自己带来的劣势。

沃里克只知道兰开斯特的军队数量更多，但对具体数目和攻击的方向都心里没底。他推测兰开斯特军队最有可能直接顺着罗马大道南下。所以在主力阵地之前还布置了一支前卫部队，由诺福克公爵率领，主要防御北面这个方向。在诺福克公爵的阵线的更北面，是一个名叫邓斯泰的小镇，镇上的居民都站在约克家族一边。这三条线的预警和防御力量，让沃里克觉得比较安心。

不过在他的阵地身后，还有一个分叉口，连接着一条通向西北方向的小路。为了预防兰开斯特军队从这里进攻，沃里克派出自己的兄弟约翰·内维尔带领一支部队组成后卫，防御这个路口。圣奥尔本斯镇上也驻扎了一小支部队进行防御。

这样的布置可谓面面俱到，但却因为一个叛徒的出卖而完全暴露在敌方眼中。内维尔家族的管家亨利爵士，在韦克菲尔德战役中被俘。他由于选择投诚而没有被杀。兰开斯特家族以肯特郡公爵的爵位收买了他，让其在被放回后给玛格丽特传递情报。因而玛格丽特对沃里克的部署是了如指掌。

王后决定采用迂回战术发起突袭，同时声东击西的加以掩护。对于一个从未接受军事训练的女人来说，第一次统领就有如此发挥也算是难能可贵。为了更好地迷惑沃里克，她让缺少工钱的苏格兰人，继续洗劫周围的乡村地区，以便造成兰开斯特军队还停留在原地的假象。其余的人马则养精蓄锐，而后在16日突然开拔，以强行军速度冲向了邓斯泰镇。

邓斯泰镇没有沃里克的军队驻守，但当地居民发现兰开斯特军队人到来后，还是勇敢地进行了抵抗。但进攻者很快就把200名坚持抵抗的当地人杀死。由于是夜间突袭，还下着大雨，南面的约克人对此是毫不知情。

接着，兰开斯特部队又强行军12英里，绕过了约克军队的三条防线。由西南方向渡过流经圣奥尔本斯镇的威尔河。随后再绕到镇子的南面，从附近小山上的圣米歇尔修道院，杀入了圣奥尔本斯。

结果，在镇上的圣乔治大街，兰开斯特先头部队遭遇了躲在屋子内避雨的约克守军猛击。守军从窗户向外射箭，依托建筑物将对手赶出了镇子。兰开斯特军队马上调转方向，利用镇上守军全部调往北面的机会，绕到无人防御的小镇南面，再次杀入圣奥尔本斯。

最后，双方展开逐屋争夺。数量占巨大优势的进攻者，在第二天上午10点，控制了整个圣奥尔本斯。更为重要的是，亨利六世在一间屋子内被人发现。兰开斯特人再次夺回了他们的国王！士气大振的士兵，很快从南面攻击了约克军队的后卫部队。

指挥约克后卫部队的约翰·内维尔，匆忙重组了他的防线。将原本防御西北方向的部队，全部调往罗马大道两侧。大雨带来的潮湿，让约克军队手里的火药严重受潮。他们赖以防御阵线的火器，已经无法正常的使用。接二连三的坏消息，也让内维尔的士兵们倍受打击。面对兰开斯特人的猛攻，后卫部队在临时的简易阵地上坚守了一个下午。

然而，来自肯特郡的部队，在亨利爵士带领下叛逃至兰开斯特一边。约克人的后卫部队顿时土崩瓦解。

17日的傍晚，天又开始下雨，同时还伴随着强劲的大风。兰开斯特军队从南面杀来，直取沃里克和诺福克两人的部队。损兵折将的约克人，依然无法使用他们手头的大炮和火枪，士气跌到了谷底。

天黑后，沃里克和自己的兄弟约翰，以及诺福克公爵一起收拢残存的4000人马，趁着夜色，向西奔逃。惟一的希望就是去和爱德华会合。他们在第二次圣奥尔本斯战役中的惨败，再次将约克家族逼到了悬崖边上。玛格丽特的军队在混战中死伤2000多人，却让4000敌军付出了生命代价。作为一个外来的媳妇，她已经成为了兰开斯特家族一边，无可争议的领袖。约克人只能寄希望于同样成为领袖不久的爱德华了。