1920年8月，粤桂战争爆发。孙中山扶植的驻闽南的粤军陈炯明部，回粤讨伐窃据广东的桂系。10月，粤军占领广东，将桂系逐回广西。11月，孙中山在广东军民欢迎下由上海抵达广州，重组军政府，宣言护法，发起第二次护法运动。

1921年4月7日，国会非常会议参众两院联合会议选举孙中山为中华民国非常大总统，委陈炯明为护法军政府陆军部总长、内务部总长。5月，孙中山宣誓就职。

1921年6月，广东军政府发动粤桂战争，打败桂系，统一两广。

为贯彻护法主张，孙中山于11月至桂林设立大本营，准备假道湖南北伐占据中央政权的直系军阀。孙中山的北伐主张遭到陈炯明的反对。陈炯明身兼陆军部长、粤军总司令、广东省长等要职，握有广东实权。他以“保境息民”为借口阻挠孙中山北伐，并与吴佩孚勾结，图谋夹击北伐军。