1955年9月，以南方黑人为主的部队拒绝被调往北方的命令，公开哗变，发动了武装叛乱。苏丹军界的黑人，纷纷逃亡南方，加入了叛乱队伍，形成了一支足以和政府军抗衡的武装力量。刚刚独立的苏丹，不是调整政策，缓解民族矛盾；而是非常不明智地采用了镇压的手段；于是、苏丹内战不可避免地爆发了。

1985年尼迈里下台后，伊斯兰极端组织穆斯林兄弟会成立了一个基础广泛的伊斯兰政党———全国伊斯兰阵线。它在1986年议会选举中成为议会第三大党。该组织的伊斯兰主张得到巴希尔（Umar Hasan Al-Bashir）将军的认可和强化，而他以“拯救国家革命”为名，于1989年6月30日发动政变夺取了政权。起初，他声称虽然他与全国伊斯兰阵线共享伊斯兰主张，但和该组织并没有关系。

1983年南北方重新敌对后，宗教和国家的关系问题，尤其是伊斯兰法《沙里亚法》的作用问题，已作为冲突的中心因素而显现。冲突双方的宗教信仰决定了各自的认同。对北方人而言，伊斯兰不仅是他们的一种信仰和生活方式，而且是他们同阿拉伯国家联结的文化和种族认同。而对南方人来说，伊斯兰不仅仅是一种宗教，它还是一种作为种族、民族和文化现象的阿拉伯主义，它排斥作为非洲黑人及基督教徒和本土宗教徒的南方人。苏丹的种族问题不只是一个肤色和相貌的官能问题，还是一种思想，一种自我感知：北方人自视为阿拉伯人，不管他们的肤色有多么黑。

宗教决定着苏丹南北方人的认同。南方人反对伊斯兰化和阿拉伯化，促进了其基督教认同。南方人现把本土文化、基督教以及西方文化的共同元素结合起来，以对抗伊斯兰教和北方强加给他们的有关阿拉伯认同。北方的伊斯兰学者阿卜杜·瓦哈布·阿芬迪（Abd al-Wahhab al-Affendi）指出了苏丹的宗教困境：伊斯兰教和苏丹北方的民族主义之间的紧密结合无疑剥夺了伊斯兰教在苏丹南方的优势。当北方受到这些问题的困扰时，苏丹人民解放军的非洲民族主义吸引力在北方也受到了类似问题的制约。强烈认同阿拉伯传统的苏丹北方人没有受非洲民族主义诱惑的危险。但是同样地，伊斯兰意识形态肯定是非穆斯林所无法接受的。

此外，两种敌对文化观点的冲突还有跨越国界的含义，因为两个认同群体沿着各自的宗教和种族路线同非洲内外保持着密切联系，这样的联系潜在地扩大了冲突范围。阿拉伯-伊斯兰世界在苏丹北方看到了必须支持并已支持的认同。也正因为如此，苏丹南方成了基督教界、西方国家、甚至犹太复国主义的一个支持对象。反过来，这又给阿拉伯-伊斯兰世界同北方的团结提供了一个坚实的基础。另一方面，黑非洲从苏丹南方的困境中看到了必须反抗的屈辱的种族压迫。苏丹的确存在阿拉伯-伊斯兰同非洲的潜在冲突。无疑，苏丹既是不同认同之间的链接点，也是这些不同认同之间的对抗点。

1983—1989

1983年，由于伊朗伊斯兰革命的影响。苏丹下令取消对南方自治区自治地位，硬要在南方基教地区实行伊斯兰教法。正在南方任司令的加朗一怒之下，率部起义。打响了苏丹内战的第一枪。加朗将自己的武装按照中国军队的名称命名为“人民解放军“（PLA）。外界称为“苏丹人民解放军”（SPLA）。

由于苏丹南方地广人稀，政府军兵力不足，分散部署更削弱了自己的战斗力，加上当地草原、热带雨林、山区、沼泽各种地形盘根交错，地形十分复杂善于打游击。加朗利用这个特点，在南方的广大地域打起了游击战。

1983年11月7日，加朗率部突袭了重镇马尔万，消灭城中的政府军。并趁胜包围纳赛尔城，将全城封锁了7天，占领了一部分城区。苏丹政府军与埃及空军派出米格-21等战机空袭人民解放军。当时人民解放军缺乏防空兵器，加朗为保存实力，撤围转移。这场战役中，人民解放军用少量的高炮击落政府军一架直升机。

苏丹政府军企图夺回马尔万。加朗指挥部队击败苏丹政府军的进攻，政府军地面部队损失惨重外，阵亡400多人外，还损失了三架直升机。马尔万战役的胜利让人民解放军声望大振，政府军中的南方黑人纷纷开小差前来投效。到1984年初，通过收编政府军的逃兵，人民解放军达到了5个满编营共5000人。部队多为前政府军正规军，而且武器精良。人手一枝AK-47自动步枪或RPG-7火箭筒。还从政府军手中缴获了不少萨姆-7防空导弹，拥有了防空力量。

1984年2月8日，人民解放军利用政府军兵少分散部署弱的缺点。仅2天围攻就拿下了马拉卡拉。到了4月，又多个孤立的政府军据点被人民解放军攻陷。政府军派出飞机搜索轰炸人民解放军，反被击落2架米格-21。

到了雨季，北方与南方的通路被大水切断。人民解放军趁机又夺下了政府军剩余的据点，政府军被孤立在几个大城市的飞地里。为了给被围的政府军送补给，苏丹政府从外国引起了6架运输机，其中2架被送给苏丹海军作为苏丹海军巡逻机。其余用于向南方空运补给。另外，在向南方运送补给时，苏丹政府还启用了C-130运输机和安-12运输机。

1985年2月，3500名人民解放军分兵两路包围朱巴。当地政府军和民兵防卫坚固。人民解放军屡攻不克。加朗果断改变策略，趁苏丹政府军全力援救朱巴后方空虚之机，率部下乘着丰田卡车，机动突袭了政府军约博马和伊罗勒。两地的政府军千余人被全歼，损失巨大。此事惊动了喀土穆，尼迈里因这此失败下野。

南方人民解放军趁北方政治混乱之机。加剧攻势。夺下了更多的政府军据点，所有躲在据点内的政府军都被分割歼灭。1985年4月14日，一架政府军的水牛型运输机被人民解放军击落，机上4名飞行员丧生。

1985年7月起，利比亚的卡扎菲本着“同宗同教“的感情援助苏丹政府。而人民解放军没有外界的支持，仍能独自击败政府军的围剿，而且越打越强。

1985年7月，人民解放军放出警告，因为苏丹政府用民航客机运送兵员，如果政府军继续这一行径，人民解放军不得不将民航客机作为打击目标。1986年8月16日，人民解放军将警告付诸实施，用从政府军手中缴获的萨姆-7导弹击落一架苏丹民航客机，机上70人无一生还。

1985年底。苏丹政府做了一个错误的决定，他们向南方的认为是亲政府的部落放发包括中国56式冲锋枪，俄罗斯AK-47等在内的大量武器。想实施南方人打南方人的政策。结果这搬起石头砸了自已的脚。南方部落拿到武器后就加入人民解放军。苏丹政府花巨资购买的武器反过来装备了自己的敌人。

1986年，政府军主力集中起来，准备在1986年开年向人民解放军发动大规模攻势。不料，人民解放军先发制人发起攻势，消灭了阿多克地区的政府军，随后他们又重创了朱巴的政府军。

利比亚见政府军屡战屡败，便希望苏丹与人民解放军达成停火。4月4日，政府军一架水牛型运输机在人民解放军司令部博尔地区被击落。机上的16名遇难者中有7人是政府负责与人民解放军官员。这一事件让调解努力彻底失败。之后，人民解放军打下了瓦乌市。

1986年11月，屡败屡挫的政府军集中5000人的兵力，配以大量的坦克和装甲车，发起大规模攻势。却又一次败在加朗的人民解放军手下。损失数百人，十多辆T-55坦克和装甲车被击毁。

1987年年初，双方围绕着瓦乌重组兵力，准备再次展开决战。5月11日，一架政府军C-130运输机被人民解放军的萨姆-7地对空导弹击落，机组5人全部遇难。机上的军用物资被人民解放军缴获。由于连战皆捷，到1987年人民解放军的兵力已达22000人。

1988年初，人民解放军发起代号为“光明之星“的大规模进攻。苏丹政府军顽强抵抗，还匆忙将从利比亚援助的米格-23战斗轰炸机投入作战。仍不能抵抗人民解放军的攻势，朱巴、瓦乌、托里特尔、马拉卡尔、本秋、乌瓦勒、伦拜克、亚勒、纳赛尔、阿库巴、耶伊、博尔马里迪、穆那德里等南方各座城镇均陷入人民解放军之手。到了7月，加朗宣布，整个南方已被人民解放军解放。此时南方人民解放军已有44000多人。

1989—2002

1989年，巴希尔军政府军上台。他主张在苏丹施行比尼迈里更加极端的宗教主义。 到了1991年，苏丹巴希尔政府得到了伊朗和利比亚这些伊斯兰反美国家的支持，而苏丹南方人民解放军得到了肯尼亚和乌干达、埃塞俄比亚这些基督教国家的支持。黑非洲各国都将加朗视为顶住苏丹伊斯兰革命风暴的支柱。

巴希尔在以往的历次战争失败中引取了教训，采取了三大措施：

一是整顿军队内部，加强宗教极权。

1991年4月中旬，巴希尔政府宣布粉碎一次政变，20名军官被处决。8月中旬，国民党、民主联合党等一批主张伊斯兰世俗化的军官准备政变，计划立即处决巴希尔和宗教领导人图拉比，宣布取消国家伊斯兰法。推行面向阿拉伯国家的外交政策。结果被侦破，8月20日，包括10名现役军官、一批退役军官和前教育部长巴克里·阿代尔，民主联合党领导成员前卫生部长艾哈迈德·巴希尔等人被逮捕。1992年2月，又一起政变被破获，41名军官被捕，100余名指挥官被撤换。

二是花巨资改善军队装备。

1991年和1992年，苏丹政府与中国、伊朗、白俄罗斯等国签署了一系列军火协议，耗资4亿多美元。购置了大量军火。除了原先从利比亚苏联处得到的T-55坦克、美国M41、M47、M60外，还从中国购进了62式轻型坦克、59式坦克。还有苏制T-62坦克和大批导弹、机枪、大炮。空军方面，从中国购买了12架歼-7战斗机，从利比亚讨来了12架米格-23战斗轰炸机，苏丹政府军空军还将老的8架米格-21战斗机从单座改造成双座，以适应于对地攻击。海湾战争时，有大批伊拉克飞机为躲避轰炸逃到伊朗，伊朗将这其中10架米格-23飞机提供给苏丹。1992年起，伊朗人又提供了22架歼-7战斗机。歼-7只需简单的维护和保养，十分适合于苏丹航空技术人员缺乏的国情。苏丹空军的歼-7、歼-6、歼-5战斗机的维护工作由中国技术人员负责，而苏制米格-21、米格-23等飞机由白俄罗斯技术人员负责。伊朗人也提供了一些技术和零件。

三是仿效伊朗革命卫队模式建立民防军

民防军由国家工作人员和各地的学生工人组成，共约10万余人。除维持治安外，主要协助政府军对人民解放军发动“圣战”。

1991年，人民解放军内部就是否要向北方进军，推翻巴希尔政府发生了分裂，以纳赛尔派为首的一批干部认为，本军队没有实力消灭北方政府，而加朗主张北伐。当年6月和7月，一万多“纳赛尔”派脱离加朗。9月初，人民解放军再度分裂，3位纳塞尔派领导人拉姆·艾库尔、里克·马歇尔、卡比努·阿尔卡图向BBC记者谈话时宣布脱离加朗，又有1万人脱离加朗。此时加朗虽仍掌控人民解放军，但手下的部队仅有3万人。

1991年10月，加朗提出“将战火扩大到北方”。开始北伐。11月，为了北伐后方安全，人民解放军向被围在南方最后一座飞地朱巴的政府军发起围攻。整个城市遭到猛烈炮击。该城有2万政府军，并防守坚固。人民解放军尽管重创了当地政府军，但未能得手。同时，对朱巴北面一个政府军营地的进攻也失败了。

巴希尔军政府准确利用了加朗的失误和人民解放军内部的分裂。准备开始反攻南方。

1992年初，政府军在歼-7等战斗机的支援下击退了进攻达尔富尔州和科尔多凡州的两股人民解放军。1992年2月低，利用旱季，兵分3路，开始向南方上尼罗河州、加扎勒河州和赤道州的人民解放军发起强大攻势。第1路负责在上尼罗河州沿尼罗河两岸和苏丹埃塞边境进军。第2路负责消灭加扎勒河州的人民解放军。第3路负责消灭赤道州西部塔姆布拉的人民解放军。然后回师直捣该州东部托里特城的人民解放军指挥部。为保障作战需要，政府军开辟了从喀土穆到朱巴的空中桥梁和中部州（原白尼罗河省）库斯提至上尼罗河州马拉卡尔的水上通道。

一开始，政府军进攻较顺利。3月9日，波查拉城被拿下，这是人民解放军的一个后勤供应中心，4月4日，克位于白尼罗河州、加扎勒河州、赤道州交界处的博尔城。这是加朗的故乡，也是人民解放军的革命摇篮。4月10日，11日和16日，先后又攻占艾库、伊鲁勒、马格里、沙姆比等 7个战略要地。到7月下旬，又连克数城，包括托里特城。为巩固成果，苏丹政府吸取过去“旱季得手，雨季丢失”的教训，采取稳扎稳打的战术，占领一城，由民防军负责城防、维持治安、加强宗教宣传。

巴希尔希望把战场上的优势转为政治上的优势。1992年6月1日，巴希尔军政府和人民解放军代表举行了军政府上台以来的第3次直接谈判。但军政府拒绝在极端宗教政策上作出让步，会谈无果而终。

旱季攻势尽管政府军夺回了南方各主要城镇，可是人民解放军损失不大，主力尚存。许多城镇都是加朗主动放弃的。雨季一到，政府军与北方的通道被切断，马上主动权就易手到了加朗的手中。7月后，人民解放军发起了几次小规模反攻，消灭几支政府军孤立之敌。7月18日，政府军一架直升机在托里被击落。两天后，2架歼-7战斗机被人民解放军防空火力在同一天击落。同日，一架安-212运输机被击落。7月15日还有一架C-130H因天气恶劣坠毁在朱巴附近。

巴希尔称：“1993年是决定性的一年，将最后解决内战。”1992年间，人民解放军对朱巴发起一系列进攻。给政府军造成重大损失，但未能夺下该城。1993年开始，先前分裂的纳赛尔派人员逐步返回人民解放军。人民解放军实力逐步恢复还不断壮大。1993年巴希尔的最后一年的攻势根本没有发生，反而南方的马拉卡尔和朱巴城被人民解放军再次包围。这时，苏丹因为支持乌干达的邪教恐怖组织“圣灵抵抗军”。乌干达陈兵两国边境，苏丹不得不将大批部队调到乌干达和苏丹的边界。这样对付南方人民解放军的政府军兵力不足。

1995年6月26日，埃及总统穆巴拉克在埃塞首都险些遇刺，刺客被击毙。但主谋是藏在苏丹的三名埃及恐怖组织头目。1996年1月31日，安理会通过决议，要求苏丹交出3名头目，并对其制裁。1998年美国驻肯尼亚使馆爆炸案发生后，美军用巡航导弹攻击了喀土穆一个怀疑用作生化武器实验的制药厂。肯尼亚美国使馆爆炸案是苏丹内战的转折点，美国原先并不直接支持苏丹南部的人民解放军。但美国决定向人民解放军提供食物、帐篷和探雷排雷器等人道主义物资。苏丹政府为了躲开制裁，为了让美国不再支持南方人民解放军。便将与肯尼亚爆炸案有关的本·拉登及部下驱逐出境，没收了他的所有在苏丹的资产。并通知美国总统克林顿，本·拉登飞机飞离苏丹的时间和航线，美军如果要将其击落或迫降随你们的便。不料，克林顿担心这样“不审讯就将本·拉登击毙会使自己陷入法律纠纷，遭到谋杀指控”。竟令中央情报局座视本·拉登的飞机安全飞到阿富汗避难。另外，苏丹政府下令关押了苏丹宗教精神领袖图拉比。可是美国对苏丹政府长期支持恐怖组织仍是心怀不满，继续向人民解放军提供非战争援助。

从1996年起，人民解放军拥有了一种威力巨大的防空兵器，萨姆-14防空导弹。人民解放军共从政府军手中缴获了约50具萨姆-14。1996年2月26日，政府军一架C-130被击落，机上91人全部遇难。3月19日1架米格-21被击落，仅一天后，又一架安-26飞机被击落。就在4月10日，一架AB-212被击落时，苏丹人民解放军取得一次战役胜利，他们消灭了一百多名政府军并摧毁了得到政府军支持的乌干达邪教武装圣灵抵抗军的总部。

1997年2月，人民解放军占领了耶伊。该镇距离朱巴70公里，苏丹军在耶伊镇附近布雷，一架安-24机在投放地雷时被一枚导弹击中，迫降失败，坠毁在朱巴机场。

1997年12月，政府军派出一股特种部队企图袭击乌干达境内的人民解放军营地，但这次冒险以惨败收场，70名政府军特种部队成员全部被杀。此外，12月9日，一架歼-7被击落，飞行员丧生。

1998年12月，政府的第一副总统祖贝尔·穆罕默德·萨利赫及26名随从所搭乘的飞机在纳塞尔降落时滑出跑道，落入索巴特河中。

政府军接下来发起了一场大规模的进攻，第1师在空军的支持下企图破坏人民解放军在南部加扎勒河州的社会基础。政府军野蛮地实施了三光政策，到处烧杀掳掠。数百万人被迫逃离家园，大批平民在政府军的进攻、炮击和轰炸中遇难。恰在当时，苏丹正发生可怕的饥荒，喀土穆蓄意阻止人道主义援助进入，从2月4日到3月31日，约10万平民死于饥饿。这场人道主义灾难超过了当时的波斯尼亚。在国际压力下苏丹政府同意为人道主义援助提供便利。但在以后3年时间内，苏丹政府的安东诺夫运输机改造的轰炸机经常轰炸人道主义组织设在苏丹的人道主义援助机构、学校、教堂和平民目标。这是因为人民解放军装备了防空导弹，空袭代价惨重，政府军便转而轰炸民用目标。想通过南部平民的伤亡来迫使人民解放军作出让步。

2001年4月4日，苏丹国防部长及13名高级官员所乘的客机因沙尘暴失事。而国防部长易卜拉欣·沙姆斯上校是巴希尔的忠实支持者，在政变中立下过汗马功劳。而且多年来他一直将全部精力放在南方战场上，十分熟悉南方战场。他和13名高官的死使人民解放军少了一个劲敌，却是巴希尔政府的一个重大打击。

2002年1月23日，政府军在努巴地区的小规模攻击被击退，人民解放军趁胜袭击了驻扎在乌拉乌施的政府军据点。作为报复。政府军的安东诺夫飞机向一个村庄投下6枚炸弹。炸死2名儿童。2月24日，政府军的两架米-24武装直升机向联合国粮食计划署设在一个村子中的供应中心发射火箭和机枪。17名平民和援助人员被打死，100多人受伤。这一事件引起国际社会强烈谴责，西方国家加大压力，巴希尔总统被迫宣布停止轰炸平民和人道主义目标，并逮捕审判飞行员，十三名飞行员成了替罪羊被枪决。同时，下令谋求与人民解放军和解。

2002年3月29日，政府军南方产油中心克尼尔-迪据点被人民解放军攻陷。300名守军战死6辆装甲车和一批枪枝弹药被人民解放军缴获。4月25日，一支人民解放军的百人突击队突袭了苏丹北部希拉的一个机场，摧毁了18架政府军飞机，包括一些安东诺夫运输机。并打死32名政府军士兵，抓走了基地司令易卜拉欣·布沙拉·伊斯梅尔。6月9日，人民解放军一举打下东赤道省首府卡波埃塔，200名政府军战死。其余3000名政府军逃入沙漠，大部分人渴死热死在沙漠中。该城失守至使南方政府军与北方大本营之间的后勤补给线被切断。此后，政府军在南方各个孤立据点和城市的守军纷纷投降。南方除朱巴以外重新完全落入人民解放军手中。最后苏丹政府同意在南方实现自治。政府军撤出在南方的最后一个飞地朱巴，人民解放军随即进驻。人民解放军的争取自治的战争取得了完全胜利。

迫于内战战场越来越不利于政府军，以及外交处境孤立，特别是来自美国的压力，2003年7月，巴希尔总统突然宣布放弃一贯坚持的“先停战、后谈判”的立场，同意与苏丹人民解放军举行停战谈判。双方从10 月30日开始在内罗毕郊区举行秘密会谈。第5天，南方代表提出了加朗设计的“一个国家、两国政府”的邦联方案：把苏丹国土均分为南北两部分，北为“北苏丹国”，南为“南苏丹国”；政府军撤出南方，成立一个民族团结政府；南方实行自治的过渡期为2年，最后由南方各部族就南北分合问题举行民意公决。但政府方面拒绝“邦联方案”，双方的首次停战谈判就此搁浅。

苏丹副总统塔哈和该国南部反政府武装苏丹人民解放运动领导人加朗于2005年1月9日在肯尼亚首都内罗毕正式签署了一项包含关于过渡期军事安排的协议、财富分配与国家权力分配的协议以及全面停火协议等全面和平协议。该协定的签署，宣告了这场非洲历时最长的内战的结束，千百万苏丹人有了回归家园创造新生活的机会，不仅如此，期待中的和平将赋予苏丹这个石油蕴藏丰富却满目疮痍的国家振兴的机会。

该全面和平协议共由8个附属协议组成，都是和谈双方在过去两年里陆续达成的。协议规定，内战双方正式停火后，苏丹将经历为时6年的过渡期，过渡期结束后，苏丹南部省份将就是否独立举行全民公决。过渡期内双方将在中央和地方权力部门共同分享权力。其中，来自苏丹政府的人员占52%，苏丹人民解放运动人员占28%，国内其他政治派别占20%。苏丹人民解放运动领导人加朗将在过渡期内担任苏丹第一副总统。过渡期内，双方还将平分以石油为主的国家财富资源。

苏丹、肯尼亚、坦桑尼亚、乌干达、索马里、吉布提、阿尔及利亚等国总统、埃塞俄比亚总理梅莱斯·泽纳维以及美国国务卿鲍威尔、中国政府特使外交部部长助理吕国增等多个国家的代表共同见证了这一历史性时刻。

曾得到苏丹政府支持在乌干达作乱而且参与政府军镇压人民解放军的“圣灵抵抗军“，在苏丹政府和人民解放军实现和平后，就成了弃儿。美国中央情报局和乌干达、肯尼亚和苏丹南部政府军队（就是人民解放军）协同，对圣灵抵抗军进行围剿，已将其大部消灭。

2011年1月9日，苏丹将迎来一次具有决定性意义的公民投票。如果投票通过，这个国家将一分为二，南部地区大约四分之一的土地和人口将有可能独立。苏丹南部公民投票委员会2月7日在喀土穆正式宣布苏丹南部公投的最终结果，在1月举行的苏丹南部公投中，98.83%的选民支持南部地区从苏丹分离，1.17%的选民支持国家统一。

苏丹南部公投委员会主席伊卜拉欣·哈利勒在当晚举行的记者招待会上宣布的最终结果，根据该结果，有379.25万名选民投票支持分离，4.48万名选民支持统一。苏丹总统巴希尔7日早些时候已经宣布承认和接受苏丹南部公投的最终结果。

根据苏丹北南内战双方2005年达成的《全面和平协议》（《内罗毕协议》），苏丹南部地区举行的公投，2011年7月9日南苏丹宣布独立，成为非洲大陆第54个国家。